SAXSdb — 8fdb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fdb
沉积日期 deposition_date	2022-12-02
结构标题 title	;CRYSTAL STRUCTURE OF NAGB-II PHOSPHOSUGAR ISOMERASE FROM Shewanella denitrificans OS217 IN COMPLEX WITH GLUCITOLAMINE-6-PHOSPHATE AT 3.06 A RESOLUTION. ;
关键词 keywords	;Deaminase Isomerization-deamination Amino-sugar metabolism Positive cooperativity and allosteric activation Sugar-isomerase domain, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.26 Å
零角强度 I(0) i0	77794600.00
分子量 molecular_weight	71056.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89796 Å³
包络体积 envelope_volume	99122 Å³
水化壳体积 shell_volume	33706 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.04 Å
包络 Rg envelope_rg	23.38 Å
形状 Rg shape_rg	23.26 Å
总 Rg total_rg	24.14 Å
总原子数 total_atoms	4994
残基数 n_residues	664
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.449
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (Isomerizing)
分子量 formula_weight	35477.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5010

MTTNTIMEQEARTAPQKIAEQLLANDAITESLGSVLREFKPKFVMIVGRGSSDHAGVFAKYLFEIEASIPTFAAAPSVASVYGKTLKLAGGLVIVISQSGRSPDILAQARMAKNAGAFCVALVNDETAPIKDIVDVVIPLRAGEEKAVAATKSYLATLSALLQVAAKWTQNESLVEAVNSLPQALQAAVDAEPQLRAGSLTDVKNLVVLGRGFGYAVSKEIALKLKEVCAIHAEAFSSAEFLHGPVTLVEKKLSILDVCIRDESYGSHVEQIANVKQRGANLIHLHQTSADIHPRIAPLALLQRFYIDVAAVAIALGINPDKPAGLKKVTQTL

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella denitrificans OS217
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	318161
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (Isomerizing)
分子量 formula_weight	35520.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTTNTIMEQEARTAPQKIAEQLLANDAITESLGSVLREFKPKFVMIVGRGSSDHAGVFAKYLFEIEASIPTFAAAPSVASVYGKTLKLAGGLVIVISQSGRSPDILAQARMAKNAGAFCVALVNDETAPIKDIVDVVIPLRAGEEKAVAATKSYLATLSALLQVAAKWTQNESLVEAVNSLPQALQAAVDAEPQLRAGSLTDVKNLVVLGRGFGYAVSKEIALKLKEVCAIHAEAFSSAEFLHGPVTLVEKKLSILDVCIRDESYGSHVEQIANVKQRGANLIHLHQTSADIHPRIAPLALLQRFYIDVAAVAIALGINPDKPAGLKKVTQTL

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella denitrificans OS217
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	318161
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	261.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8fdbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1

结构域编号 domain_id	8fdbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.885 Å
晶胞边长 b length_b	113.142 Å
晶胞边长 c length_c	171.008 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	34.950 Å
R 因子 r_factor	0.2089
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2415

fit	/app/data/saxs_computation/fd/8fdb/8fdb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fd/8fdb/8fdb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fd/8fdb/8fdb.dat

;CRYSTAL STRUCTURE OF NAGB-II PHOSPHOSUGAR ISOMERASE FROM Shewanella denitrificans OS217 IN COMPLEX WITH GLUCITOLAMINE-6-PHOSPHATE AT 3.06 A RESOLUTION. ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)