8fe4

Structure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-PrM monoclonal antibody

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 211.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fe4
沉积日期 deposition_date	2022-12-05
结构标题 title	Structure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-PrM monoclonal antibody
关键词 keywords	DENV, flavivirus, prM antibody, prM13, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.44 Å
零角强度 I(0) i0	760490000.00
分子量 molecular_weight	185940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	213060 Å³
包络体积 envelope_volume	522040 Å³
水化壳体积 shell_volume	71269 Å³
包络直径 envelope_diameter	222.6 Å
壳层 Rg shell_rg	55.81 Å
包络 Rg envelope_rg	65.61 Å
形状 Rg shape_rg	67.47 Å
总 Rg total_rg	67.03 Å
总原子数 total_atoms	13292
残基数 n_residues	2701
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.7 Å
Rg (实空间) rg_real	67.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	760800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8513
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	92.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.102
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.569

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	43892.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	13292

MRCIGMSNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTESRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFRCKKNMEGKVVQPENLEYTIVITPHSGEEHAVGNDTGKHGKEIKITPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLNWFKK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Aedes albopictus

Entity 2 polymer

描述 description	prM protein
分子量 formula_weight	9261.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

FHLTTRNGEPHMIVSRQEKGKSLLFKTEDGVNMCTLMAMDLGELCEDTITYKCPLLRQNEPEDIDCWCNSTSTWVTYGTCT

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Aedes albopictus

Entity 3 polymer

描述 description	prM13 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	23777.7 kDa
突变 mutation	X1A,X2A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M,O

AAQLQESGPELVKPGASVKISCKASGYTFTDYFINWVRQSHGKSLEWIGDFYPNNRGPTYNQKFEGKATLTVDKSSSTAYMELRSLTSDDSAVYYCARGLWDAWLSYWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPALLQSGLYTLSSSVTVTSNTWPSQTITCNVAHPASSTKVDKKIEPRVPI

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mous
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	prM13 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23245.5 kDa
突变 mutation	X1A,X4A,X106A,X103A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N,P

AIVATQSPAIMSASPGEKVTISCSASSSVSYMYWYQQKPGSSPKPWIYRTSNLASGVPTRFSGSGSGTSYSFTISSMEAEDAATYYCQQYHNYPRTFGGGTKAKSARADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	9.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	9.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5458

fit	/app/data/saxs_computation/fe/8fe4/8fe4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/8fe4/8fe4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/8fe4/8fe4.dat

Structure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-PrM monoclonal antibody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)