8ff4

Cryo-EM structure of Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex (composite) in type I-B CAST system

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 223.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ff4
沉积日期 deposition_date	2022-12-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex (composite) in type I-B CAST system
关键词 keywords	CRISPR, transposon, TnsC, TniQ, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	85.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.51 Å
零角强度 I(0) i0	7739520000.00
分子量 molecular_weight	717340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	883730 Å³
包络体积 envelope_volume	1412500 Å³
水化壳体积 shell_volume	136510 Å³
包络直径 envelope_diameter	280.2 Å
壳层 Rg shell_rg	82.89 Å
包络 Rg envelope_rg	82.46 Å
形状 Rg shape_rg	86.53 Å
总 Rg total_rg	86.41 Å
总原子数 total_atoms	50322
残基数 n_residues	5852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.4 Å
Rg (实空间) rg_real	82.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3530e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	83.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7680000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	62.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.990
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1710
最高正则化参数 α highest_alpha	177200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 0.962; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.677; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Type I-B CRISPR-associated protein Cas5
分子量 formula_weight	24852.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	50322

MIAPLILYLDVPFTTFRESHAREMGKTYPVPPPATVYGMLLSLVGETNVYRHCGVELAIAMLSSPKKSRILRQMRRFKNADFSHPENVIPCYQEILSNLKCLIWVRSDEEKIQPSLRERIQLAFDHPELVRRFGCLFLGESDQLIKTIKLAREDYLEGVRQWAIRDNRGRLTLPYWVDHVGSRNTRFLRYRIEEMDRLSPPDLAWTMVQSPI

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Type I-B CRISPR-associated protein Cas6
分子量 formula_weight	24945.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTAILIQSEEYVDLTFKLRGAPIPLDNGYLTYAALSRICPPLHELKSIGIHPIAGIPTRNNLLELTAQSRLKIRIYHQQIPLIYPYLAGQAFHIGQNFYQLDIPDYKPLISSESVYSRLVIIKGFQDSTNFIEAVQRQMDNLGIQGKIELLTRQDGTPQRRQLTINKEGKQFKVRGFGVKISELNPEDSLTLQEQGIGGKRKMMCGIFVPATRSKEEEET

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
分子量 formula_weight	37299.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H

MMTQKKNDSNIPNYYLYGTVLTRYGLASLNHDIRRGNKTILQKGYWNNGKIHSFVGSSAIRWALRFYLQKQGYLVNRVWDEEEHINRLTSEDFDPEKFYDDDIFGFALLESAETEEDTSTTKRKKKQTKTSTPNQRMGALGMNMAVSLTPYDGAVKLGAKSGREKDSTSLHFTEYHATRYQYYFGIDATHLKDFSRILPMIDGIMNLPKVGGSSNIFNYPFCPDSLVFQWTNHFASYISYCFEYCDPKSKEAKLSQEFIDEVECGQIDPSKLWIGGTIVKDLQQLDNFESSPLNKAHIYRNRNEMIEALKTVIKRDLGLEESK

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Type I-B CRISPR-associated protein Cas8
分子量 formula_weight	63474.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MHHHHHHHHIVSTQPKISLSLHAADTTIMHRVGMTGLYMTLKRLEKQYPLSRQRGGHISWFLTADTIELFWEGSDFIALSWLINESFQLDDTGLIHLVGLDNDRIDLRQKIHIHEGICGVFLRLNKFYQAGEIINTELRFEEKQVEYQYKSLTWYAHQTFAEKLCEADTQQLRHDYIQITSWLYLGGIVRHARTQNTTKLEEKPEYALALLFVPVVCHYCLLHIPSEDLKERKPHRYLVVIPEIKDFEDASQRRWRLQQLETKQFHVSSLGEAGLLYYSLDDIQPEVAYYQACQVWLYEKTNKASRQRTLMSIEEIKIDKNILITYQQVQKYFKTNYQIIKYKQIFIKVNPIRSLIADNLVKGIHWWSNFWEKLVIEDSKEYLFNQLFSNREGFIIMAENSEEDKQYLIFIKVFQQAMKGNFAKIYAKTEEGKDPPIKKKVERLRAELNYCYDELSFKEYLSDFLVRGGLNKYFNEHQEEIALLIKKSPWQEIRIWSLLAIASYKPKDKLTNRDDSSLSNNQKLEEVNDDSEEE

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
分子量 formula_weight	16314.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

MAENSEEDKQYLIFIKVFQQAMKGNFAKIYAKTEEGKDPPIKKKVERLRAELNYCYDELSFKEYLSDFLVRGGLNKYFNEHQEEIALLIKKSPWQEIRIWSLLAIASYKPKDKLTNRDDSSLSNNQKLEEVNDDSEEE

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	22876.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

UUGCUCAAGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAACGUAGGUGAGUCGUGGCUUUAUGCCGUUAGGCG

Entity 7 polymer

描述 description	Target DNA strand
分子量 formula_weight	26108.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

GGCCGCTACGTATCGTAGATATATCTACGCGTAGATATATCTACGTTTAACAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCCATGATCTAC

Entity 8 polymer

描述 description	Non-target DNA strand
分子量 formula_weight	26313.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

GTAGATCATGGAGAAGTCATTTAATAAGGCCACTGTTAAACGTAGATATATCTACGCGTAGATATATCTACGATACGTAGCGGCC

Entity 9 polymer

描述 description	TniQ
分子量 formula_weight	37592.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MTIYSEHWSLNPLEIPQRSRLFSLEPVAVGTPYAESLSSYLHRLAQAHCLTSEKLVMGEIAPLILKDEDKSELLSKNLSHLLGNSDAKPAINGMREMTEKLVTVLEELTMRQDLRFLTLLSWKGMIYDKGLFRNYRAWCPCCCEEWMQKNKTIYEPLSWSFKDVEFCLIHKQRLIEECSHCGARLPVMARLSPAGFCSRCYGWLGQEIKGEEEIEKYRVNIQGISELIALTPQLGYKPIPIELTRKLQLILLVFEQAIGKDVKLLGDLGGIMESLRIASTTNQSQPYHLVKLIIPVCEKAKISVFQLFGSDFKELGKILFGNFSLELKL

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 polymer

描述 description	TnsC
分子量 formula_weight	43521.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U,V,W

MTKSTGFPLELLTRPATERLAYFENYTVAHPRLKEVYEILMRTIAEPAGASFIFVYGASGVGKTTLRLRVEQKLTELALPKLESDRARVPVVGIEAIAPESRYFNWKEYYTRALITLEEPLIDHKFDYGVRGISRDNFGKINVESKVVAPALRRALENALIHRHPDVFFVDEAQHFGKVASGYKLQDQLDCLKSLANMTGILHCLLGTYELLTFRNLSGQLSRRSVDIHFRRYCADSPEDVQAFKSVLLTFQQHLPLAETPNLVDHWEYFYERTLGCIGTLKDWLKRVLSDALDREATTITLKDLQKRALSVAQCQKMFKEIQEGERQLSETEADVQNLRSALGLGAKPIVLPEETPKTTRPPGKVGKRKPKRDPIGVQQDVS

来源 Source

来源生物 organism	;Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2014529
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 12 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	281621

fit	/app/data/saxs_computation/ff/8ff4/8ff4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/8ff4/8ff4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/8ff4/8ff4.dat

Cryo-EM structure of Cascade-DNA-TniQ-TnsC complex (composite) in type I-B CAST system

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)