8ff9

Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ff9
沉积日期 deposition_date	2022-12-08
结构标题 title	Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form)
关键词 keywords	METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.91 Å
零角强度 I(0) i0	779778000.00
分子量 molecular_weight	216150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	265600 Å³
包络体积 envelope_volume	348050 Å³
水化壳体积 shell_volume	76394 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.04 Å
包络 Rg envelope_rg	34.27 Å
形状 Rg shape_rg	35.84 Å
总 Rg total_rg	36.76 Å
总原子数 total_atoms	15028
残基数 n_residues	1866
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	780000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	56.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	989400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable dna-binding stress protein
分子量 formula_weight	17510.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	17441

MEINIGIGEQDRAAIAEGLSRLLADTYTLYLKTHNFHWNVTGPMFNTLHLMFEGQYTELAVAVDDIAERIRALGFPAPGTYAAYARLSSIKEEEGVPEAEEMIRQLVQGQEAVVRTARSIFPLLDKVSDEPTADLLTQRMQVHEKTAWMLRSLLAS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	81

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2323

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.541 Å
晶胞边长 b length_b	129.820 Å
晶胞边长 c length_c	156.598 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.430 Å
R 因子 r_factor	0.1473
R_work r_work	0.1461
R_free r_free	0.1695

fit	/app/data/saxs_computation/ff/8ff9/8ff9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/8ff9/8ff9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/8ff9/8ff9.dat

Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction