8ffy

Cryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(UGA-TL)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 107.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ffy
沉积日期 deposition_date	2022-12-11
最后修订 last_revision	2023-08-23
结构标题 title	Cryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(UGA-TL)
关键词 keywords	tRNA, SerRS, transcription, ligase-RNA complex; LIGASE/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.62 Å
零角强度 I(0) i0	235394000.00
分子量 molecular_weight	107010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127220 Å³
包络体积 envelope_volume	172820 Å³
水化壳体积 shell_volume	45337 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.73 Å
包络 Rg envelope_rg	31.91 Å
形状 Rg shape_rg	31.58 Å
总 Rg total_rg	32.26 Å
总原子数 total_atoms	7442
残基数 n_residues	831
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	235400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.286
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.926

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine--tRNA ligase, mitochondrial
分子量 formula_weight	58358.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7442

MAASMARRLWPLLTRRGFRPRGGCISNDSPRRSFTTEKRNRNLLYEYAREGYSALPQLDIERFCACPEEAAHALELRKGELRSADLPAIISTWQELRQLQEQIRSLEEEKAAVTEAVRALLANQDSGEVQQDPKYQGLRARGREIRKELVHLYPREAQLEEQFYLQALKLPNQTHPDVPVGDESQARVLHMVGDKPVFSFQPRGHLEIGEKLDIIRQKRLSHVSGHRSYYLRGAGALLQHGLVNFTFNKLLRRGFTPMTVPDLLRGAVFEGCGMTPNANPSQIYNIDPARFKDLNLAGTAEVGLAGYFMDHTVAFRDLPVRMVCSSTCYRAETNTGQEPRGLYRVHHFTKVEMFGVTGPGLEQSSQLLEEFLSLQMEILTELGLHFRVLDMPTQELGLPAYRKFDIEAWMPGRGRFGEVTSASNCTDFQSRRLHIMFQTEAGELQFAHTVNATACAVPRLLIALLESNQQKDGSVLVPPALQSYLGTDRITAPTHVPLQYIGPNQPRKPGLPGQPAVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	mt-tRNA(UGA-TL)
分子量 formula_weight	21411.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GAAAAAGUCAUGGAGGCCAUGGGGUCCNNNNNNNNNGGGCUUUGGGGGGUUCGAUUCCUUCCUUUUUUGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE
分子量 formula_weight	433.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	881655

fit	/app/data/saxs_computation/ff/8ffy/8ffy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/8ffy/8ffy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/8ffy/8ffy.dat

Cryo-electron microscopy structure of human mt-SerRS in complex with mt-tRNA(UGA-TL)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)