8fg8

Catalytic domain of GtfB in complex with inhibitor 2-[(2,4,5-Trihydroxyphenyl)methylidene]-1-benzofuran-3-one

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 166.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fg8
沉积日期 deposition_date	2022-12-12
结构标题 title	Catalytic domain of GtfB in complex with inhibitor 2-[(2,4,5-Trihydroxyphenyl)methylidene]-1-benzofuran-3-one
关键词 keywords	GtfB, GTF-I, catalytic domain, inhibitor, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.67 Å
零角强度 I(0) i0	550894000.00
分子量 molecular_weight	188320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233140 Å³
包络体积 envelope_volume	303610 Å³
水化壳体积 shell_volume	56888 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.43 Å
包络 Rg envelope_rg	48.01 Å
形状 Rg shape_rg	48.60 Å
总 Rg total_rg	48.82 Å
总原子数 total_atoms	13246
残基数 n_residues	1659
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	550300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7571
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	85520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.586; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.657; Smooth: 0.425

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glucosyltransferase-I
分子量 formula_weight	97510.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13759

LHFDETGAYTDTSIDTVNKDIVTTRSNLYKKYNQVYDRSAQSFEHVDHYLTAESWYRPKYILKDGKTWTQSTEKDFRPLLMTWWPSQETQRQYVNYMNAQLGINKTYDDTSNQLQLNIAAATIQAKIEAKITTLKNTDWLRQTISAFVKTQSAWNSDSEKPFDDHLQNGAVLYDNEGKLTPYANSNYRILNRTPTNQTGKKDPRYTADNTIGGYEFLLANDVDNSNPVVQAEQLNWLHFLMNFGNIYANDPDANFDSIRVDAVDNVDADLLQIAGDYLKAAKGIHKNDKAANDHLSILEAWSDNDTPYLHDDGDNMINMDNKLRLSLLFSLAKPLNQRSGMNPLITNSLVNRTDDNAETAAVPSYSFIRAHDSEVQDLIRDIIKAEINPNVVGYSFTMEEIKKAFEIYNKDLLATEKKYTHYNTALSYALLLTNKSSVPRVYYGDMFTDDGQYMAHKTINYEAIETLLKARIKYVSGGQAMRNQQVGNSEIITSVRYGKGALKATDTGDRTTRTSGVAVIEGNNPSLRLKASDRVVVNMGAAHKNQAYRPLLLTTDNGIKAYHSDQEAAGLVRYTNDRGELIFTAADIKGYANPQVSGYLGVWVPVGAAADQDVRVAASTAPSTDGKSVHQNAALDSRVMFEGFSNFQAFATKKEEYTNVVIAKNVDKFAEWGVTDFEMAPQYVSSTDGSFLDSVIQNGYAFTDRYDLGISKPNKYGTADDLVKAIKALHSKGIKVMADWVPDQMYAFPEKEVVTATRVDKFGKPVEGSQIKSVLYVADSKSSGKDQQAKYGGAFLEELQAKYPELFARKQISTGVPMDPSVKIKQWSAKYFNGTNILGRGAGYVLKDQATNTYFNISDNKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus mutans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1309
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2Z)-2-[(2,4,5-trihydroxyphenyl)methylidene]-1-benzofuran-3(2H)-one
分子量 formula_weight	270.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	503

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	150.455 Å
晶胞边长 b length_b	150.455 Å
晶胞边长 c length_c	304.948 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	73.040 Å
R 因子 r_factor	0.2067
R_work r_work	0.2054
R_free r_free	0.2326

fit	/app/data/saxs_computation/fg/8fg8/8fg8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fg/8fg8/8fg8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fg/8fg8/8fg8.dat