8fim

Structure of APOBEC3A (E72A inactive mutant) in complex with TTC-hairpin DNA substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fim
沉积日期 deposition_date	2022-12-16
结构标题 title	Structure of APOBEC3A (E72A inactive mutant) in complex with TTC-hairpin DNA substrate
关键词 keywords	APOBEC, APOBEC3A, A3A, APOBEC3A E72A mutant, cancer, DNA, mutation, cytidine deaminase, hairpin DNA, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.26 Å
零角强度 I(0) i0	60100100.00
分子量 molecular_weight	52287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61791 Å³
包络体积 envelope_volume	80708 Å³
水化壳体积 shell_volume	26184 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.62 Å
包络 Rg envelope_rg	26.45 Å
形状 Rg shape_rg	26.21 Å
总 Rg total_rg	27.01 Å
总原子数 total_atoms	3627
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8823
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
分子量 formula_weight	22983.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.38
突变 mutation	E72A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3657

MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNGIGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHNQAKNLLCGFYGRHAALRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPCPTPTPCPGPCPGPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3934.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,C

TGCGCTTCGCGCT

Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.917 Å
晶胞边长 b length_b	56.904 Å
晶胞边长 c length_c	91.549 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.220 Å
最低分辨率 resolution_low	47.990 Å
R 因子 r_factor	0.2396
R_work r_work	0.2376
R_free r_free	0.2772

fit	/app/data/saxs_computation/fi/8fim/8fim.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/8fim/8fim.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/8fim/8fim.dat

Structure of APOBEC3A (E72A inactive mutant) in complex with TTC-hairpin DNA substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)