8fjm

Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase in complex with AdoHcy - P212121 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fjm
沉积日期 deposition_date	2022-12-20
结构标题 title	Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase in complex with AdoHcy - P212121 space group
关键词 keywords	HISTONE LYSINE METHYLTRANSFERASE, Histone-modifying enzyme, DOT1A, Trypanosoma brucei, AdoHcy complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.15 Å
零角强度 I(0) i0	55874500.00
分子量 molecular_weight	56876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70565 Å³
包络体积 envelope_volume	88842 Å³
水化壳体积 shell_volume	27637 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.13 Å
包络 Rg envelope_rg	26.78 Å
形状 Rg shape_rg	27.13 Å
总 Rg total_rg	27.93 Å
总原子数 total_atoms	7890
残基数 n_residues	490
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9014
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.575
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8093000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
分子量 formula_weight	29325.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.360
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8252

GPHMPKGELGAGTPHEPYNLPLRGNPNKSGCHHCLADQCHCVFFERLLDATFRRLDIKRITEVSGSRHLCAKSLLPTFVSRMVRLMEITSEDTFYDLGCGNGSILFQVAFLTGARCVGIEISEHNAKVAKKAWEVIRPELEGSSGRSMSEVNIITSDMTKILADERLFESERGKTVILLSNLLFPKSLTHYLSERFRRVPSGTRILCFDDLYPHSRSVAAIRDPEAFRLFAMTDYRWQECSVEWCTRDGPFFIHRRR

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.934 Å
晶胞边长 b length_b	81.625 Å
晶胞边长 c length_c	170.115 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.810 Å
R 因子 r_factor	0.1612
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.1855

fit	/app/data/saxs_computation/fj/8fjm/8fjm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/8fjm/8fjm.pr.out
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