8fjt

Human mitochondrial serine hydroxymethyltransferase (SHMT2) in complex with PLP, glycine and AGF362 inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fjt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fjt
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8fjt
沉积日期 deposition_date2022-12-20
结构标题 titleHuman mitochondrial serine hydroxymethyltransferase (SHMT2) in complex with PLP, glycine and AGF362 inhibitor
关键词 keywordsSHMT2, tetramer, glycine synthesis, inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.72
零角强度 I(0) i0165938000.00
分子量 molecular_weight100770.0 kDa
排除体积 excluded_volume125490 ų
包络体积 envelope_volume146700 ų
水化壳体积 shell_volume42225 ų
包络直径 envelope_diameter95.8
壳层 Rg shell_rg36.65
包络 Rg envelope_rg28.10
形状 Rg shape_rg27.70
总 Rg total_rg28.54
总原子数 total_atoms7091
残基数 n_residues905
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7
Rg (实空间) rg_real28.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real1.6590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal165900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8963
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.337
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66600000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.919

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)