8fn2

The structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease pathogen Borreliella burgdorferi

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 259.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fn2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fn2
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8fn2
沉积日期 deposition_date2022-12-26
结构标题 titleThe structure of a 50S ribosomal subunit in the Lyme disease pathogen Borreliella burgdorferi
关键词 keywordshibernating ribosome, bacterial, pathogen, 50S, translation, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.16
零角强度 I(0) i057745100000.00
分子量 molecular_weight1333700.0 kDa
排除体积 excluded_volume1374300 ų
包络体积 envelope_volume2296900 ų
水化壳体积 shell_volume247420 ų
包络直径 envelope_diameter256.5
壳层 Rg shell_rg82.81
包络 Rg envelope_rg71.03
形状 Rg shape_rg71.24
总 Rg total_rg71.09
总原子数 total_atoms89742
残基数 n_residues6507
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax259.1
Rg (实空间) rg_real73.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34
I(0) (实空间) i0_real5.7780e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1670e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57820000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8845
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary82.5
偏度 Skewness skewness0.540
峰度 Kurtosis kurtosis0.310
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9733
最高正则化参数 α highest_alpha7335000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.679; Stabil: 0.888; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.872

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (35)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)