8fpa

Structure of a chimeric antibody (Fab) fragment bound to de-N-acetyl polysialic acid (dPSA)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fpa
沉积日期 deposition_date	2023-01-04
最后修订 last_revision	2026-03-18
结构标题 title	Structure of a chimeric antibody (Fab) fragment bound to de-N-acetyl polysialic acid (dPSA)
关键词 keywords	antibody, Fab, polysialic acid, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.54 Å
零角强度 I(0) i0	152842000.00
分子量 molecular_weight	96749.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119820 Å³
包络体积 envelope_volume	153940 Å³
水化壳体积 shell_volume	39668 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.41 Å
包络 Rg envelope_rg	32.07 Å
形状 Rg shape_rg	32.56 Å
总 Rg total_rg	33.01 Å
总原子数 total_atoms	13225
残基数 n_residues	865
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9114
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.608
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	22570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Chimeric antibody Fab fragment, Fd chain
分子量 formula_weight	24079.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	13690

EVQLVESGGGLVQPGDSLRLSCAASGFTFTPYYMGWVRQAPGKGLEWVGYIRNKANGYTTEYSASVKGRFTISRDNSQSSLYLQMNSLKTEDTAVYYCARYARGTVDSWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Humanized antibody Fab fragment, light chain
分子量 formula_weight	23998.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DIVMTQTPLSLSVTPGQPASISCKSSQSLLHSNGKTYLNWLLQKPGQSPQLLIYLVSKLESGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGLYYCLQIIHFPHTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 branched

描述 description	;5-amino-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-9)-3,5-dideoxy-5-propanamido-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid ;
分子量 formula_weight	1183.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	407

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.585 Å
晶胞边长 b length_b	71.437 Å
晶胞边长 c length_c	91.495 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	74.490 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1856
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/fp/8fpa/8fpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fp/8fpa/8fpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fp/8fpa/8fpa.dat

Structure of a chimeric antibody (Fab) fragment bound to de-N-acetyl polysialic acid (dPSA)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)