8fty

Crystal structure of the carotenoid isomerooxygenase, NinaB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fty
沉积日期 deposition_date	2023-01-14
结构标题 title	Crystal structure of the carotenoid isomerooxygenase, NinaB
关键词 keywords	non-heme iron, isomerase, beta propeller, membrane, carotenoid, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.45 Å
零角强度 I(0) i0	2820380000.00
分子量 molecular_weight	448670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	561210 Å³
包络体积 envelope_volume	820210 Å³
水化壳体积 shell_volume	108080 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.7 Å
壳层 Rg shell_rg	62.25 Å
包络 Rg envelope_rg	62.70 Å
形状 Rg shape_rg	64.45 Å
总 Rg total_rg	64.42 Å
总原子数 total_atoms	31494
残基数 n_residues	3951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.6 Å
Rg (实空间) rg_real	64.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2819000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8451
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.242
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.994; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	carotenoid isomerooxygenase
分子量 formula_weight	57515.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	33838

MAATEEKLYPNCDATVWLRSCEEEVSEPLEGTMTGEFPSWLRGTLLRNGPGCLNVGTMRFEHLFDSSALLHRFAIDDGTVTYQCRFLRTNTLKKNRAANRIVVTEFGTKSAPDPCHTIFDRVAAFFNPGEHMSDNAMISVYPFGDEVYAFTEGPIIHRVDTVTLDTLEQKNMTDCVALVNHTSHPHVMPNGDVYNVGMSVVKGRIRHVVAKFPFTEKGDMFKSAHIVASMAPRWALHPAYMHTFGITENYFVIVEQPLSISVYGLMTNLINNNKLAASLKWYPEYETHIVLLSRTTGKEVKRFRTDTLFFLHIINCYEHEGELVVDLCTYKDAKVVDAMYVHAIETMQSNADYAEWFRAKPKRLQVSLNAPKMTRMKSSILADIGCETPRIHYDLHNSKYYRYFYAISSDVDAENPGTVIKVDTKTGETKTWCRPNCYPSEPIFVPSPNAKDEDDGVLLSALVWGGEMNQTVALLVLNAKTMEEMGRATFNTPSPAPKCLHGWFLPTNG

来源 Source

来源生物 organism	Trichoplusia ni
通用名 common_name	cabbage looper
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	carotenoid isomerooxygenase
分子量 formula_weight	57531.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

来源 Source

来源生物 organism	Trichoplusia ni
通用名 common_name	cabbage looper
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	carotenoid isomerooxygenase
分子量 formula_weight	57547.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

来源 Source

来源生物 organism	Trichoplusia ni
通用名 common_name	cabbage looper
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7111
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2071

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	349.934 Å
晶胞边长 b length_b	52.036 Å
晶胞边长 c length_c	210.036 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	49.670 Å
R 因子 r_factor	0.2189
R_work r_work	0.2175
R_free r_free	0.2468

fit	/app/data/saxs_computation/ft/8fty/8fty.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ft/8fty/8fty.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ft/8fty/8fty.dat

Crystal structure of the carotenoid isomerooxygenase, NinaB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)