SAXSdb — 8ful

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ful
沉积日期 deposition_date	2023-01-17
结构标题 title	Heterologous AibH1H2 purified from Lysogeny broth
关键词 keywords	alpha aminoisobutyric acid hydroxylase amidohydrolase-like dimetallic, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.47 Å
零角强度 I(0) i0	1487010000.00
分子量 molecular_weight	320060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	399340 Å³
包络体积 envelope_volume	478390 Å³
水化壳体积 shell_volume	86265 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.7 Å
壳层 Rg shell_rg	51.63 Å
包络 Rg envelope_rg	44.13 Å
形状 Rg shape_rg	44.47 Å
总 Rg total_rg	44.71 Å
总原子数 total_atoms	22631
残基数 n_residues	2850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.1 Å
Rg (实空间) rg_real	44.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1487000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8774
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	415100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.866

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Amidohydrolase
分子量 formula_weight	43992.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	23276

MGHHHHHHSGENLYFQSGGMVAPTSNPGVPDELDGVPAVVDCDVHAVLPSPHSLIPYLDEYWADQLVAQLAPTYEPNYHPRGSAIAQHSDASVDENGRAATTAENLVKDVFADGFTDFAVVNCLYGVQQIHQPRREMAHARALNHWIANEWLDKDDRLRASIVVPQGSPRAAAEEIDFWSGDKRFVQVLLLGQSELLYGREINWPIWEAAEAAGLPVTLHIGGVFRQAPTSVGWPASHLEWYVGQQSNIEAQLNSIISEGILQKFPKTKILLSELGFNWLPPFMWKFDKLWKSYRPDIPWVQESPLELIREHVRVTTSPSDGAEEAGRLDSIVDRLGSDRMLVYSSDYPHKHHSGPRDIENGTHSPELLDRIYRRNAFDLYNLVVPSPGKVG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus wratislaviensis NBRC 100605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1219028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Amidohydrolase
分子量 formula_weight	42272.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MTIIEHGSLGTLPAPSVTTGIVDADIHPVPQDGALEPYLDDRWKKHIREYGVRTTTGLQFISEYPQMYGGAMRADAWPESGYPGSDRELLRTQLLDKHNIQLGVLQCLAPGGQTLNPAGQALNQELAAALCRATNDWQLEHLVYPDPRMRAAIPVTFETPDYAVAEIERVGADPGVVAVLGTSKTLEPLGSRKYWPIYEASVAQNLPIQFHLSQGGGHANTGTGWTSYHTEYHTGHVQSFQSQLLSLVLSGTFDRFPTLKVMFVEGNVAHFAPLIQRMDYTWETLRGELPDLQRKPSEYIRDHIWASTQPIDEPEKPEHLAELLEEFCGDNVVFATDYPHFDFDDPETAFPRSFPVDLRDKILRGNGMRFFGVTNQAD

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus wratislaviensis NBRC 100605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1219028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Amidohydrolase
分子量 formula_weight	42288.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

MTIIEHGSLGTLPAPSVTTGIVDADIHPVPQDGALEPYLDDRWKKHIREYGVRTTTGLQFISEYPQMYGGAMRADAWPESGYPGSDRELLRTQLLDKHNIQLGVLQCLAPGGQTLNPAGQALNQELAAALCRATNDWQLEHLVYPDPRMRAAIPVTFETPDYAVAEIERVGADPGVVAVLGTSKTLEPLGSRKYWPIYEASVAQNLPIQFHLSQGGGHANTGTGWTSYHTEYHTGHVQSFQSQLLSLVLSGTFDRFPTLKVMFVEGNVAHFAPLIQRMDYTWETLRGELPDLQRKPSEYIRDHIWASTQPIDEPEKPEHLAELLEEFCGDNVVFATDYPHFDFDDPETAFPRSFPVDLRDKILRGNGMRFFGVTNQAD

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus wratislaviensis NBRC 100605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1219028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	593

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	8fulA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fulB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fulC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fulD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fulE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fulG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.772 Å
晶胞边长 b length_b	231.403 Å
晶胞边长 c length_c	144.997 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.290 Å
最低分辨率 resolution_low	47.280 Å
R 因子 r_factor	0.1915
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2579

fit	/app/data/saxs_computation/fu/8ful/8ful.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fu/8ful/8ful.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fu/8ful/8ful.dat

Heterologous AibH1H2 purified from Lysogeny broth

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)