SAXSdb — 8fuo

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fuo
沉积日期 deposition_date	2023-01-17
结构标题 title	Fe-bound AibH1H2
关键词 keywords	alpha aminoisobutyric acid hydroxylase amidohydrolase-like dimetallic, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.38 Å
零角强度 I(0) i0	397330000.00
分子量 molecular_weight	160080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	199700 Å³
包络体积 envelope_volume	230600 Å³
水化壳体积 shell_volume	57295 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.99 Å
包络 Rg envelope_rg	31.47 Å
形状 Rg shape_rg	31.37 Å
总 Rg total_rg	32.12 Å
总原子数 total_atoms	11320
残基数 n_residues	1429
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	397400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.087
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	228500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.713

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Amidohydrolase
分子量 formula_weight	43992.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11658

MGHHHHHHSGENLYFQSGGMVAPTSNPGVPDELDGVPAVVDCDVHAVLPSPHSLIPYLDEYWADQLVAQLAPTYEPNYHPRGSAIAQHSDASVDENGRAATTAENLVKDVFADGFTDFAVVNCLYGVQQIHQPRREMAHARALNHWIANEWLDKDDRLRASIVVPQGSPRAAAEEIDFWSGDKRFVQVLLLGQSELLYGREINWPIWEAAEAAGLPVTLHIGGVFRQAPTSVGWPASHLEWYVGQQSNIEAQLNSIISEGILQKFPKTKILLSELGFNWLPPFMWKFDKLWKSYRPDIPWVQESPLELIREHVRVTTSPSDGAEEAGRLDSIVDRLGSDRMLVYSSDYPHKHHSGPRDIENGTHSPELLDRIYRRNAFDLYNLVVPSPGKVG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus wratislaviensis NBRC 100605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1219028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Amidohydrolase
分子量 formula_weight	42272.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MTIIEHGSLGTLPAPSVTTGIVDADIHPVPQDGALEPYLDDRWKKHIREYGVRTTTGLQFISEYPQMYGGAMRADAWPESGYPGSDRELLRTQLLDKHNIQLGVLQCLAPGGQTLNPAGQALNQELAAALCRATNDWQLEHLVYPDPRMRAAIPVTFETPDYAVAEIERVGADPGVVAVLGTSKTLEPLGSRKYWPIYEASVAQNLPIQFHLSQGGGHANTGTGWTSYHTEYHTGHVQSFQSQLLSLVLSGTFDRFPTLKVMFVEGNVAHFAPLIQRMDYTWETLRGELPDLQRKPSEYIRDHIWASTQPIDEPEKPEHLAELLEEFCGDNVVFATDYPHFDFDDPETAFPRSFPVDLRDKILRGNGMRFFGVTNQAD

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus wratislaviensis NBRC 100605
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1219028
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	297

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8fuoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fuoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fuoC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8fuoD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.780 Å
晶胞边长 b length_b	150.570 Å
晶胞边长 c length_c	234.719 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	79.740 Å
R 因子 r_factor	0.1907
R_work r_work	0.1884
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/fu/8fuo/8fuo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fu/8fuo/8fuo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fu/8fuo/8fuo.dat

Fe-bound AibH1H2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)