8fwm

Structure of tail-neck junction of Agrobacterium phage Milano

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 185.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fwm
沉积日期 deposition_date	2023-01-23
结构标题 title	Structure of tail-neck junction of Agrobacterium phage Milano
关键词 keywords	Myophage, redox trigger, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.40 Å
零角强度 I(0) i0	2135240000.00
分子量 molecular_weight	379270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	471200 Å³
包络体积 envelope_volume	752710 Å³
水化壳体积 shell_volume	112800 Å³
包络直径 envelope_diameter	200.6 Å
壳层 Rg shell_rg	58.48 Å
包络 Rg envelope_rg	54.80 Å
形状 Rg shape_rg	55.45 Å
总 Rg total_rg	55.35 Å
总原子数 total_atoms	26669
残基数 n_residues	3483
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2136000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6413
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	165900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.745

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Collar sheath protein, gp13
分子量 formula_weight	24490.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,D,E,F,G
原子数 atom_count	26669

MYFFSVDPRNGASKSGDVCGSCCCESISARPGEVNGVMVSYAAWSAPLRGHGLTNKTTFEIDGVSVTPPKVSNAFGRTKVGVVFEGTLSDLFPNPEGEQVEYEISELNGPSNGVVELGANGAFTYTPGALFTGVDRFWFSINGNIGEYVISVDPTTSELPQPPFTTPVYVPAARRSVDPRTHVLKFVLGVSPAAIPGDVYRLTVRQVAIDCDGNEFVHISCYDISIGSCG

Entity 2 polymer

描述 description	Tail sheath protein
分子量 formula_weight	53896.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p,q,r,s

MAQDALSDGFVRLCIDPSLNFFGEGCKILVEGQMTDDGSATPDAVTCVTSELDIIERFGQGSVLTESLRKVFCTCKSGVSVYALPREDAAAGVKAVYTLTIAGPATTDGRVQLYMGEAEYAVDIGVDAGDTATDIAAAIVAAISPDFPYAATAAAGVITLTARNAGTIGNHLSVIYTNLGSCTSVTPEGVTVTFAQTTAGSVNPTPNDYATVVNECCFAVYVLSSDDTDWQENLRDWIRSAWDCSKPQCFGHGYVFNKGTLGQVLADGDNSAELSRLALPTTYPVLPYLTNAAYGALSACSTCNNPELNIQGQTFGLLSCINMPESCTPGWTFGEVTQLQANGFVVSGPSTTSGQGNYTSPYIYNDVTNYLRDEKNRPNATFRDASSRRLAAATGVALAEFLQQFNGLAVFTKNTNIRTGIIGTNPRLMLGKIRKWAQDNVGTLFSEFDNINEDIQLLTDFEVQPKCVGQPGIFHLNMRYRPPVRGARINVNMAPALFDNCDR

Entity 3 polymer

描述 description	Tail-tube, gp21
分子量 formula_weight	14673.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AV,Aa,Ae,Ad

MACNKQNGVKNILITFTDCDTQEVIGPISHEQPDDTLPTYKNCAWTNTALTNGYVQRSASNATMTLPVVRDLRVPLAFYQGCAQVDVQVEKFDGTVMTLTEGAVVEPEESDGRSVTMNIVASEIDELLPPGSLAAA

Entity 4 polymer

描述 description	Tail-terminator protein, gp18
分子量 formula_weight	20268.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AS,AT

METKLTYGNRVTLPEFAKYIVAPAFHEIEGRAIPVTGVDDDASGTQATKLPFVLVGLRQGDTSGPATIAGNSTINLRDDFIVEFNMKKERYRDRKGGETPFFSYYDYESIRDRLFNSMIEFSGEHGITFEFVSLDISTEGDVVYIEFRFRQNYEWCETVREADTTIEAGRFSINLQGC

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.49 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10216

fit	/app/data/saxs_computation/fw/8fwm/8fwm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fw/8fwm/8fwm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fw/8fwm/8fwm.dat

Structure of tail-neck junction of Agrobacterium phage Milano

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)