8fyc

Cryo-EM structure of Cas1:Cas2-DEDDh:half-site integration complex linear CRISPR repeat conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 151.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fyc
沉积日期 deposition_date	2023-01-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cas1:Cas2-DEDDh:half-site integration complex linear CRISPR repeat conformation
关键词 keywords	;CRISPR, integrase, CRISPR adaptation module, PAM, prespacer, exonuclease, DNA binding protein-DNA complex, enzyme, ribonucleoprotein ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.05 Å
零角强度 I(0) i0	831780000.00
分子量 molecular_weight	209140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	250130 Å³
包络体积 envelope_volume	346870 Å³
水化壳体积 shell_volume	68973 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.03 Å
包络 Rg envelope_rg	41.82 Å
形状 Rg shape_rg	42.01 Å
总 Rg total_rg	42.36 Å
总原子数 total_atoms	14553
残基数 n_residues	1620
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	831700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.079
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DEDDh
分子量 formula_weight	18652.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	14575

IRYVVIDIETDGKDAKRNHILEIGAIRCEDGKETHFTALISGDAVPPSITKLTGITATLLQKEGQEEKKVLTAFREFIGDDDLVGYHVSFDIEFLRQAFKKYGLGYLKNKTHDLLRIVKKEQLFQADYKLETSLQSYGIHKKVPHRALGDAELVKCLAKKLNKF

来源 Source

来源生物 organism	Megasphaera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	906
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA/RNA (43-MER)
分子量 formula_weight	23953.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TGCGCGTGGGATCACCCCCGCTCGTGCGGGAAAGACAGTAATGGATTCCTTTATTTTCGCCCTTTTACGCTTACTGAC

Entity 3 polymer

描述 description	Cas2-DEDDh
分子量 formula_weight	10661.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A

MPMTVITLKNVPQSLRGDLTRWMQEIATGVYVGNFNSRIREYLWRRVQETMGAGEASMCFAARNELGYDFLTENASRSVIDYDGLPLIFIPKE

来源 Source

来源生物 organism	Megasphaera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	906
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Cas1
分子量 formula_weight	34534.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

MAGPIIAGKSESSELPRVEDRATFIYIEHAKINRVDSAVTVAEAKGVVRIPAAMIGVLLLGPGTDISHRAVELLGDTGTALVWVGEQGVRYYASGRALARSTRFLVKQAELVTNERSRLRVARRMYQMRFPTEDVSKLTMQQLRSHEGARVRRKYRELSKKYNVPWKKRVYNPDDFAGGDPINQALSAAHVALYGLVHSVVAALGLSPGLGFVHTGHDRSFIYDVADLYKAEITVPIAFAVAAEAEEGQDIGQLARLRTRDAFVDGKILKRMVKDLQTLLEIPEEGQIEAEPLSLWDDKEKLVPYGVNYSE

来源 Source

来源生物 organism	Megasphaera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	906
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (57-MER)
分子量 formula_weight	17569.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AGATTGAGACCAGGTCTCCGTTTCATGAGTCTTTCCCGCACGAGCGGGGGTGATCCC

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9528.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

AAACGGAGACCTGGTCTCAATCTGCGTGTTC

Entity 7 polymer

描述 description	DNA (14-MER)
分子量 formula_weight	13655.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACGTCAGTAAGCGTAAAAGGGCGAAAATAAAGGAATCCATTACT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	58475

fit	/app/data/saxs_computation/fy/8fyc/8fyc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/8fyc/8fyc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/8fyc/8fyc.dat

Cryo-EM structure of Cas1:Cas2-DEDDh:half-site integration complex linear CRISPR repeat conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)