SAXSdb — 8fyd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fyd
沉积日期 deposition_date	2023-01-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cas1:Cas2-DEDDh:half-site integration complex bent CRISPR repeat conformation
关键词 keywords	;CRISPR, integrase, CRISPR adaptation module, PAM, prespacer, exonuclease, DNA binding protein-DNA complex, enzyme, ribonucleoprotein ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.68 Å
零角强度 I(0) i0	762071000.00
分子量 molecular_weight	195730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	231830 Å³
包络体积 envelope_volume	326540 Å³
水化壳体积 shell_volume	64135 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.42 Å
包络 Rg envelope_rg	42.47 Å
形状 Rg shape_rg	42.65 Å
总 Rg total_rg	42.97 Å
总原子数 total_atoms	13590
残基数 n_residues	1481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	762000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8711
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	23953.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	13612

TGCGCGTGGGATCACCCCCGCTCGTGCGGGAAAGACAGTAATGGATTCCTTTATTTTCGCCCTTTTACGCTTACTGAC

Entity 2 polymer

描述 description	Cas2-DEDDh
分子量 formula_weight	32632.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MPMTVITLKNVPQSLRGDLTRWMQEIATGVYVGNFNSRIREYLWRRVQETMGAGEASMCFAARNELGYDFLTENASRSVIDYDGLPLIFIPKEQSAVSDLPKGFSTAAKLHRAHIAGSGKKKEKPIRYVVIDIETDGKDAKRNHILEIGAIRCEDGKETHFTALISGDAVPPSITKLTGITATLLQKEGQEEKKVLTAFREFIGDDDLVGYHVSFDIEFLRQAFKKYGLGYLKNKTHDLLRIVKKEQLFQADYKLETSLQSYGIHKKVPHRALGDAELVKCLAKKLNKF

来源 Source

来源生物 organism	Megasphaera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	906
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Cas1
分子量 formula_weight	35022.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

MAGPIIAGKSESSELPRVEDRATFIYIEHAKINRVDSAVTVAEAKGVVRIPAAMIGVLLLGPGTDISHRAVELLGDTGTALVWVGEQGVRYYASGRALARSTRFLVKQAELVTNERSRLRVARRMYQMRFPTEDVSKLTMQQLRSHEGARVRRKYRELSKKYNVPWKKRVYNPDDFAGGDPINQALSAAHVALYGLVHSVVAALGLSPGLGFVHTGHDRSFIYDVADLYKAEITVPIAFAVAAEAEEGQDIGQLARLRTRDAFVDGKILKRMVKDLQTLLEIPEEGQIEAEPLSLWDDKEKLVPYGVNYSEVTSCP

来源 Source

来源生物 organism	Megasphaera
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	906
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (64-MER)
分子量 formula_weight	19721.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AGATTGAGACCAGGTCTCCGTTTCATGAGTCTTTCCCGCACGAGCGGGGGTGATCCCACGCGCA

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (30-MER)
分子量 formula_weight	10106.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

AAACGGAGACCTGGTCTCAATCTGCGTGTTCCC

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (13-MER)
分子量 formula_weight	13655.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACGTCAGTAAGCGTAAAAGGGCGAAAATAAAGGAATCCATTACT

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	8fydB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8fydC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	8fydC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8fydE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8fydF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	100 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
拓扑 Topology topology	10 — Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	8fydF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53545

fit	/app/data/saxs_computation/fy/8fyd/8fyd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/8fyd/8fyd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/8fyd/8fyd.dat

Cryo-EM structure of Cas1:Cas2-DEDDh:half-site integration complex bent CRISPR repeat conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)