8fym

Crystal structure of Fab235 in complex with MPER peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 156.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fym
沉积日期 deposition_date	2023-01-26
结构标题 title	Crystal structure of Fab235 in complex with MPER peptide
关键词 keywords	MPER, membrane proximal external region, Vaccucine, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.66 Å
零角强度 I(0) i0	473098000.00
分子量 molecular_weight	180170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225860 Å³
包络体积 envelope_volume	324210 Å³
水化壳体积 shell_volume	62195 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.91 Å
包络 Rg envelope_rg	45.25 Å
形状 Rg shape_rg	45.58 Å
总 Rg total_rg	46.03 Å
总原子数 total_atoms	12703
残基数 n_residues	1640
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	473000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8749
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.749

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab235, L chain
分子量 formula_weight	24204.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A,D,G
原子数 atom_count	13145

DIVMSQSPSSLAVSVGEKVTMSCKSSQSLLYSSNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRDSGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSVKAEDLAVYCCQQYYNYPFTFGAGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab235, H chain
分子量 formula_weight	24267.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B,E,I

QVQLQQSGTDLVRPGTSVKVSCKASGYAFTTYFIEWVKQRPGQGLEWIGVINPGSGIPNYNEMFKGKATLTADKSSSTAYLHLSSLTSDDSAVYFCARAPYYYGSSYYYFDVWGAGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	ALA-SER-LEU-TRP-ASN-TRP-PHE-ASN-ILE-THR-ASN-TRP-LEU-TRP-TYR-ILE-LYS-LYS-LYS
分子量 formula_weight	2644.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,C,F,J

KASLWNWFNITNWLWYIKKK

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	prop-2-enamide
分子量 formula_weight	71.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	433

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.481 Å
晶胞边长 b length_b	108.300 Å
晶胞边长 c length_c	121.209 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.63 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	85.59 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	47.950 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1998
R_free r_free	0.2435

fit	/app/data/saxs_computation/fy/8fym/8fym.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/8fym/8fym.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/8fym/8fym.dat

Crystal structure of Fab235 in complex with MPER peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)