8g0g

Crystal structure of diphtheria toxin H223Q/H257Q double mutant (pH 4.5)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g0g
沉积日期 deposition_date	2023-01-31
结构标题 title	Crystal structure of diphtheria toxin H223Q/H257Q double mutant (pH 4.5)
关键词 keywords	diptheria toxin, pH dependent conformational changes, toxin; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.66 Å
零角强度 I(0) i0	191814000.00
分子量 molecular_weight	109390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136220 Å³
包络体积 envelope_volume	173220 Å³
水化壳体积 shell_volume	44048 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.68 Å
包络 Rg envelope_rg	32.19 Å
形状 Rg shape_rg	32.66 Å
总 Rg total_rg	33.23 Å
总原子数 total_atoms	7707
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.574
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.960

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Diphtheria toxin
分子量 formula_weight	58724.8 kDa
突变 mutation	K51E, E148K, H223Q, H257Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7987

MGADDVVDSSKSFVMENFSSYHGTKPGYVDSIQKGIQKPKSGTQGNYDDDWEGFYSTDNKYDAAGYSVDNENPLSGKAGGVVKVTYPGLTKVLALKVDNAETIKKELGLSLTEPLMEQVGTEEFIKRFGDGASRVVLSLPFAEGSSSVKYINNWEQAKALSVELEINFETRGKRGQDAMYEYMAQACAGNRVRRSVGSSLSCINLDWDVIRDKTKTKIESLKEQGPIKNKMSESPNKTVSEEKAKQYLEEFHQTALEQPELSELKTVTGTNPVFAGANYAAWAVNVAQVIDSETADNLEKTTAALSILPGIGSVMGIADGAVHHNTEEIVAQSIALSSLMVAQAIPLVGELVDIGFAAYNFVESIINLFQVVHNSYNRPAYSPGHKTQPFLHDGYAVSWNTVEDSIIRTGFQGESGHDIKITAENTPLPIAGVLLPTIPGKLDVNKSKTHISVNGRKIRMRCRAIDGDVTFCRPKSPVYVGNGVHANLHVAFHRSSSEKIHSNEISSDSIGVLGYQKTVDHTKVNSKLSLFFEIKSMA

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium diphtheriae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1717
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENYLYL-3'-5'-PHOSPHO-URIDINE-3'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	653.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	280

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.360 Å
晶胞边长 b length_b	69.399 Å
晶胞边长 c length_c	69.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.51 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	81.19 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	37.000 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2391

fit	/app/data/saxs_computation/g0/8g0g/8g0g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/8g0g/8g0g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/8g0g/8g0g.dat

Crystal structure of diphtheria toxin H223Q/H257Q double mutant (pH 4.5)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction