8g0h

Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g0h
沉积日期 deposition_date	2023-01-31
结构标题 title	Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break.
关键词 keywords	PARP, ADP-ribose transferase, DNA break detection, Zinc finger, DNA binding protein-DNA complex; DNA binding protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.74 Å
零角强度 I(0) i0	410756000.00
分子量 molecular_weight	163550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203620 Å³
包络体积 envelope_volume	304560 Å³
水化壳体积 shell_volume	59010 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.07 Å
包络 Rg envelope_rg	43.61 Å
形状 Rg shape_rg	44.75 Å
总 Rg total_rg	44.80 Å
总原子数 total_atoms	11487
残基数 n_residues	1414
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	410800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8912
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.680
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.894

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	1505.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O,N
原子数 atom_count	11487

CGACG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	1496.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,M

CGTCG

Entity 3 polymer

描述 description	Poly [ADP-ribose] polymerase 1
分子量 formula_weight	56909.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.30,2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

MKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPGTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKAEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSANISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLWLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Fusion of human PARP1 zinc fingers 1 and 3 (Zn1, Zn3),Poly [ADP-ribose] polymerase 1
分子量 formula_weight	31262.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.30,2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKVGHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKAQNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSGQLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPETSASVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide
分子量 formula_weight	424.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.066 Å
晶胞边长 b length_b	110.172 Å
晶胞边长 c length_c	117.086 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	76.590 Å
R 因子 r_factor	0.2436
R_work r_work	0.2404
R_free r_free	0.3056

fit	/app/data/saxs_computation/g0/8g0h/8g0h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/8g0h/8g0h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/8g0h/8g0h.dat

Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)