8g1n

Structure of Campylobacter concisus PglC I57M/Q175M Variant with modeled C-terminus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g1n
沉积日期 deposition_date	2023-02-02
结构标题 title	Structure of Campylobacter concisus PglC I57M/Q175M Variant with modeled C-terminus
关键词 keywords	phosphoglycosyl transferase, reentrant membrane helix, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.23 Å
零角强度 I(0) i0	31717100.00
分子量 molecular_weight	45509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58173 Å³
包络体积 envelope_volume	76101 Å³
水化壳体积 shell_volume	25643 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.78 Å
包络 Rg envelope_rg	24.95 Å
形状 Rg shape_rg	25.18 Å
总 Rg total_rg	26.25 Å
总原子数 total_atoms	3203
残基数 n_residues	386
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.491
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3411000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase ;
分子量 formula_weight	23451.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.8.36
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3223

SGSGMYRNFLKRVIDILGALFLLILTSPIIIATAIFIYFKVSRDVIFTQARPGLNEKIFKMYKFKTMSDERDANGELLPDDQRLGKFGKLIRSLSLDELPQLFNVLKGDMSFIGPRPLLVEYLPIYNETQKHRHDVRPGITGLAQVNGRNAISWEKKFEYDVYYAKNLSFMLDVKIALMTIEKVLKRSGVSKEGQATTEKFNGKN

来源 Source

来源生物 organism	Campylobacter concisus 13826
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	360104
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.802 Å
晶胞边长 b length_b	70.802 Å
晶胞边长 c length_c	188.442 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	62.810 Å
R 因子 r_factor	0.2604
R_work r_work	0.2585
R_free r_free	0.2969

fit	/app/data/saxs_computation/g1/8g1n/8g1n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g1/8g1n/8g1n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g1/8g1n/8g1n.dat