SAXSdb — 8g3l

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g3l
沉积日期 deposition_date	2023-02-08
结构标题 title	BceAB-S nucleotide free BceS state 2
关键词 keywords	ABC transporter, histidine kinase, antimicrobial, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.29 Å
零角强度 I(0) i0	541357000.00
分子量 molecular_weight	204960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262330 Å³
包络体积 envelope_volume	405250 Å³
水化壳体积 shell_volume	70371 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.52 Å
包络 Rg envelope_rg	51.11 Å
形状 Rg shape_rg	52.30 Å
总 Rg total_rg	52.15 Å
总原子数 total_atoms	14442
残基数 n_residues	1791
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	540800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8244
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.069
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.647; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.836

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacitracin export permease protein BceB
分子量 formula_weight	72262.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14442

MNINQLILRNLKKNLRNYYLYVFALIFSVALYFAFVTLQYDPAINEVKASIKGAAAIKTASILLVAVVAIFILYANTIFIKRRSKEIGLFQLIGMTKHKIFRILSAENVMLYFGSLAIGVAAGFSISKLVLMILFKIVDVKADAKLHFSEQALVQTVIVFCGIYLLIMIMNYTFIKKQSILSLFKVTSSTEDKVKKISFFQMLIGALGIVLILTGYYVSSELFGGKFKTINELFVAMSFILGSVIIGTFLFYKGSVTFISNIIRKSKGGYLNISEVLSLSSIMFRMKSNALLLTIITTVSALAIGLLSLAYISYYSSEKTAEQNVAADFSFMNEKDAKLFENKLRESNISFVKKATPVLQANVDIANIMDGTPKEMQGDPGNMQLAVVSDKDVKGVDVAAGEAVFSGYTDLLQKIMVFKDSGVIKVKSKHETQPLKYKGLREEFLVSYTFTSGGMPAVIVDDSLFKQLDKDKDPRIQLAQSTFIGVNVKHDDQMEKANELFQQVNKKNEHLSRLDTSAAQKSLFGMVMFIVGFLGLTFLITSGCILYFKQMGESEDEKPSYTILRKLGFTQGDLIKGIRIKQMYNFGIPLVVGLFHSYFAVQSGWFLFGSEVWAPMIMVMVLYTALYSIFGFLSVLYYKKVIKSSL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Bacitracin export ATP-binding protein BceA
分子量 formula_weight	29248.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MSGHHHHHHVILEANKIRKSYGNKLNKQEVLKGIDIHIEKGEFVSIMGASGSGKTTLLNVLSSIDQVSHGTIHINGNDMTAMKEKQLAEFRKQHLGFIFQDYNLLDTLTVKENILLPLSITKLSKKEANRKFEEVAKELGIYELRDKYPNEISGGQKQRTSAGRAFIHDPSIIFADEPTGALDSKSASDLLNKLSQLNQKRNATIIMVTHDPVAASYCGRVIFIKDGQMYTQLNKGGQDRQTFFQDIMKTQGVLGGVQHEH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Sensor protein BceS
分子量 formula_weight	38811.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MIKAFLIERRSWIAAFLFQQALMLFIAFVDPSISFGNVLYMVYLCILFFIIFLWFRYRKETAFYKSLKTWENNLDVTAINEPETPFEAMVERSIAGQTEHLKQTAARHRLALENEKDELMAWIHEVKTPLTAMHLIIDRMEEKALKSQLSYEWLRIHLLLDQQLHQKRISFIENDLSVEFIQLQPLIFKEIKDLQSWCIQKGIGFDIQLEAKEVLSDAKWLAFIIRQLLTNAVKYSEASEIEIKSFQKGEQTQLQVKDCGRGIDPKDVPRIFDKGFTSTTDHHDQASTGMGLYLAKKAAAPLLIHIDVESEFGAGTVFTLTFPIRNQFEHVISV

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8g3lB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8g3lC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8g3lE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	186936

fit	/app/data/saxs_computation/g3/8g3l/8g3l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/8g3l/8g3l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/8g3l/8g3l.dat

BceAB-S nucleotide free BceS state 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)