SAXSdb — 8g3z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g3z
沉积日期 deposition_date	2023-02-08
结构标题 title	Neuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex with 4 FNI17 Fab molecules
关键词 keywords	viral glycoprotein, antibody, Fab, influenza, virus, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.76 Å
零角强度 I(0) i0	1173790000.00
分子量 molecular_weight	277770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	344730 Å³
包络体积 envelope_volume	431120 Å³
水化壳体积 shell_volume	79287 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.4 Å
壳层 Rg shell_rg	50.50 Å
包络 Rg envelope_rg	44.01 Å
形状 Rg shape_rg	43.75 Å
总 Rg total_rg	44.08 Å
总原子数 total_atoms	19485
残基数 n_residues	2512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1174000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	56.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.190
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	FNI17 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24580.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,E,G,J
原子数 atom_count	19485

QVQLVQSGAEVKRPGSSVKVSCKPSGGTFSNNVISWVRQAPGQGLEWMGGIIPTSGIANYAQKFQGRVAIIADKSTSTVYMALSSLRSEDSAVYFCARARSDYFNRDLGWEDYYFENWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	FNI17 Fab light chain
分子量 formula_weight	23479.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,F,I,K

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVGSSLVWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGVPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQHYNNWPPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Neuraminidase
分子量 formula_weight	55145.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDHHHHHHGSGLNDIFEAQKIEWHEGSIINETADDIVYRLTVIIDDRYESLKNLITLRADRLEMIINDNVSTILASGLVPRGSGSLPEPEWTYPRLSCPGSTFQKALLISPHRFGEIKGNSAPLIIREPFIACGPTECKHFALTHYAAQPGGYYNGTREDRNKLRHLISVKLGKIPTVENSIFHMAAWSGSACHDGKEWTYIGVDGPDSNALLKIKYGEAYTDTYHSYAKNILRTQESACNCIGGDCYLMITDGPASGVSECRFLKIREGRIIKEIFPTGRVKHTEECTCGFASNKTIECACRDNRYTAKRPFVKLNVETDTAEIRLMCTETYLDTPRPNDGSITGPCESDGDKGSGGIKGGFVHQRMASKIGRWYSRTMSKTKRMGMGLYVKYDGDPWTDSEALALSGVMVSMEEPGWYSFGFEIKDKKCDVPCIGIEMVHDGGKTTWHSAATAIYCLMGSGQLLWDTVTGVDMAL

来源 Source

来源生物 organism	Influenza B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8g3zE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8g3zL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	178.760 Å
R 因子 r_factor	0.3441
R_work r_work	0.3441
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	177249

fit	/app/data/saxs_computation/g3/8g3z/8g3z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/8g3z/8g3z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/8g3z/8g3z.dat

Neuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex with 4 FNI17 Fab molecules

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)