8g47

KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 67.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g47
沉积日期 deposition_date	2023-02-08
结构标题 title	KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold
关键词 keywords	CryoEM imaging scaffold, Cancer, GTPase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.39 Å
零角强度 I(0) i0	24974200.00
分子量 molecular_weight	37219.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46172 Å³
包络体积 envelope_volume	54019 Å³
水化壳体积 shell_volume	22013 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.98 Å
包络 Rg envelope_rg	20.73 Å
形状 Rg shape_rg	20.38 Å
总 Rg total_rg	21.23 Å
总原子数 total_atoms	2617
残基数 n_residues	325
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8913000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RCG-33 - Cryo-EM imaging scaffold subunit B fused to DARPin
分子量 formula_weight	35452.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2617

MFTRRGDQGETDLANRARVGKDSPVVEVQGTIDELNSFIGYALVLSRWDDIRNDLFRIQNDLFVLGEDVSTGGKGRTVTMDMIIYLIKRSVEMKAEIGKIELFVVPGGSVESASLHMARAVSRRLERRIKAASELTEINANVLLYANMLSNILFMHALISNKRKEELDKKLLEAARAGQDDEVAALLAKGADVNAHDTFGFTPLHLAALYGHLEIVEVLLKRGADINADDSYGRTPLHLAAMRGHLEIVELLLRWGADVNAADEEGRTPLHLAAKRGHLEIVEVLLKNGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKL

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	21622.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	G12C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGENLYFQSMTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	AMG 510 (bound form)
分子量 formula_weight	562.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	171436

fit	/app/data/saxs_computation/g4/8g47/8g47.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g4/8g47/8g47.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g4/8g47/8g47.dat

KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)