8g5u

Crystal structure of TnmK2 complexed with TNM B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g5u
沉积日期 deposition_date	2023-02-14
结构标题 title	Crystal structure of TnmK2 complexed with TNM B
关键词 keywords	Biosynthesis, Natural Product, Tiancimycin, Enediyne, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.02 Å
零角强度 I(0) i0	675745000.00
分子量 molecular_weight	212330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264470 Å³
包络体积 envelope_volume	345100 Å³
水化壳体积 shell_volume	64588 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.51 Å
包络 Rg envelope_rg	43.24 Å
形状 Rg shape_rg	44.02 Å
总 Rg total_rg	44.24 Å
总原子数 total_atoms	29596
残基数 n_residues	1924
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	675800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	TnmK2
分子量 formula_weight	53578.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	31832

MTAARHEPHLLTDAVRAFQAQSPVWRPADDEEALRGLEAAELTVPLDYRAPAGRTLTLGLVRHRATAPERRRGVLLVGPGDDLGNRGTLLGAQLVGQLPKEVLAQYDVVAFDHRFMGRSSPVVCGLEPEERFWVFHHPRDFDHEVRFQANVAAKVAEHALDILPYASSRNIARDIEVIRGALGEDRISYLGYSYGTYLGAVWTQMFGEHADRVVLDSICSPDWVWRGLFTDFPPNGERALTRWARWAAARDADLGLGATDGAVRAAYDGVLARVDTDREVTVAGFPLDRTLARLIVVGMLNSDRNYPFLGDIVRSAVHGGQLEPATMGFLGQMFGQPKEESGTVAQLAILAGDWAWPRNVDLYERDMERASRTHPFTGAAMAGIKAPAFWPVPPSEPVTRLGPDNPADSILLVQAADDMSTPLAAARRMREVLGDTSRLLTVADTAHHRVFPFYGNPGADELVTAYLVDGELPAADVTRPNPAPMVPTV

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces sp. CB03234
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1703937
宿主生物 host_organism	Streptomyces lividans

Entity 2 non-polymer

描述 description	;methyl (2E)-3-[(1aS,11S,11aS,14Z,18R)-3,18-dihydroxy-4,9-dioxo-4,9,10,11-tetrahydro-11aH-11,1a-hept[3]ene[1,5]diynonaphtho[2,3-h]oxireno[c]quinolin-11a-yl]but-2-enoate ;
分子量 formula_weight	493.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2023

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	134.110 Å
晶胞边长 b length_b	134.110 Å
晶胞边长 c length_c	355.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.804 Å
最低分辨率 resolution_low	29.646 Å
R 因子 r_factor	0.1904
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2158

fit	/app/data/saxs_computation/g5/8g5u/8g5u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/8g5u/8g5u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/8g5u/8g5u.dat

Crystal structure of TnmK2 complexed with TNM B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction