SAXSdb — 8g62

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g62
沉积日期 deposition_date	2023-02-14
结构标题 title	Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004
关键词 keywords	;COVID-19, coronavirus, SARS, COV-2, papain-like protease, IDP51000, IDP52003, remodilin, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, HYDROLASE ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.59 Å
零角强度 I(0) i0	189883000.00
分子量 molecular_weight	109830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137460 Å³
包络体积 envelope_volume	172610 Å³
水化壳体积 shell_volume	46886 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.26 Å
包络 Rg envelope_rg	29.18 Å
形状 Rg shape_rg	29.55 Å
总 Rg total_rg	30.52 Å
总原子数 total_atoms	7690
残基数 n_residues	941
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	189900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8969
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.001
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.962

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-structural protein 3
分子量 formula_weight	35943.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-,3.4.22.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8110

SNAEVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-methoxy-5-(1-methylpiperidin-4-yl)-N-[4-(pyrrolidine-1-sulfonyl)phenyl]benzamide
分子量 formula_weight	457.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	264

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8g62A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1680 —

结构域编号 domain_id	8g62B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1680 —

结构域编号 domain_id	8g62C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1680 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	170.020 Å
晶胞边长 b length_b	170.020 Å
晶胞边长 c length_c	97.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.170 Å
最低分辨率 resolution_low	49.060 Å
R 因子 r_factor	0.1813
R_work r_work	0.1796
R_free r_free	0.2145

fit	/app/data/saxs_computation/g6/8g62/8g62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/8g62/8g62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/8g62/8g62.dat

Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution