8g8n

CTLA4 Fab with peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 157.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g8n
沉积日期 deposition_date	2023-02-18
结构标题 title	CTLA4 Fab with peptide
关键词 keywords	Anti-CTLA4 mAb, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.46 Å
零角强度 I(0) i0	1200710000.00
分子量 molecular_weight	283780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352870 Å³
包络体积 envelope_volume	516380 Å³
水化壳体积 shell_volume	85131 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.8 Å
壳层 Rg shell_rg	54.70 Å
包络 Rg envelope_rg	48.85 Å
形状 Rg shape_rg	50.45 Å
总 Rg total_rg	50.64 Å
总原子数 total_atoms	39271
残基数 n_residues	2613
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2010e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1201000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8765
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.611
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.471

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23860.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,H,K,O
原子数 atom_count	39271

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGYTFTNYFMNWVRQAPGQGLEWMGRVDPEQGRADYAEKFKKRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCARRAMDNYGFAYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23469.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,I,L,M,Q

EIVLTQSPDFQSVTPKEKVTITCSANSALSYMYWYQQKPDQSPKLWVHGTSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTINSLEAEDAATYYCHHWSNTQWTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	CYS-PRO-GLY-LYS-GLY-LEU-PRO-SER-CYS
分子量 formula_weight	862.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,J,P,R,Z

CPGKGLPSC

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.430 Å
晶胞边长 b length_b	203.510 Å
晶胞边长 c length_c	225.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.030 Å
R 因子 r_factor	0.2414
R_work r_work	0.2389
R_free r_free	0.2882

fit	/app/data/saxs_computation/g8/8g8n/8g8n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/8g8n/8g8n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/8g8n/8g8n.dat

CTLA4 Fab with peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)