8g9u

Exploiting Activation and Inactivation Mechanisms in Type I-C CRISPR-Cas3 for Genome Editing Applications

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 204.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g9u
沉积日期 deposition_date	2023-02-22
结构标题 title	Exploiting Activation and Inactivation Mechanisms in Type I-C CRISPR-Cas3 for Genome Editing Applications
关键词 keywords	CRISPR, type I-C, Cascade, Anti-CRISPR, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.71 Å
零角强度 I(0) i0	3764660000.00
分子量 molecular_weight	478730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	583170 Å³
包络体积 envelope_volume	725240 Å³
水化壳体积 shell_volume	105470 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.6 Å
壳层 Rg shell_rg	58.53 Å
包络 Rg envelope_rg	57.72 Å
形状 Rg shape_rg	57.71 Å
总 Rg total_rg	57.70 Å
总原子数 total_atoms	33541
残基数 n_residues	4002
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	204.2 Å
Rg (实空间) rg_real	57.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3761000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8281
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.479
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	289000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.862; Smooth: 0.655

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Cas3
分子量 formula_weight	84572.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	33546

DYIAHARQDSSNAWHSHPLQKHLQKVAQLAKRFAGRYGSLFAEYAGLLHDLGKFQESFQKYIRNASGFEKENAHLEDVESTKLRKIPHSTAGAKYAVERLNPFFGHLLAYLIAGHHAGLADWYDKGSLKRRLQQADDELAASLSGFVESSLPEDFFPLSDDDLMRDFFAFWEDGAKLEELHIWMRFLFSCLVDADFLDTEAFMNGYADADAAAAAAAAAAAAAAAARRYAEQYAQLSAAEDADKNSSLNQERHAILQQCFSAAETDRTLFSLTVPTGGGKTLASLGFALKHALKFGKKRIIYAIPFTSIIEQNANVFRNALGDDVVLEHHSNLEVKEDKETAKTRLATENWDAPLIVTTNVQLFESLFAAKTSRCRKIHNIADSVVILDEAQQLPRDFQKPITDMMRVLARDYGVTFVLCTATQPELGKNIDAFGRTILEGLPDVREIVADKIALSEKLRRVRIKMPPPNGETQSWQKIADEIAARPCVLAVVNTRKHAQKLFAALPSNGIKLHLSANMCATHCSEVIALVRRYLALYRAGSLHKPLWLVSTQLIEAGVDLDFPCVYRAMAGLDSIAQAAGRCNREGKLPQLGEVVVFRAEEGAPSGSLKQGQDITEEMLKAGLLDDPLSPLAFAEYFRRFNGKGDVDKHDITRLLTAEASNENPLAIKFRTAAERFHLIDNQGVALIVPFIPLAHWEKDGSPQIVEANELDDFFRRHLAAAAAAAAWAAAAAAAAAAFPQPPDNPDNPFGQTDQPLLAAAAAAAAAAAAA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, Csd2 family
分子量 formula_weight	32208.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,C,E,F,M

TIEKRYDFVFLFDVQDGNPNGDPDAGNLPRIDPQTGEGLVTDVCLKRKVRNFIQMTQNDEHHDIFIREKGILNNLIDEAHEQENVKGKEKGEKTEAARQYMCSRYYDIRTFGAVMTTGKNAGQVRGPVQLTFSRSIDPIMTLEHSITRMAVTNEKDASETGDNRTMGRKFTVPYGLYRCHGFISTHFAKQTGFSENDLELFWQALVNMFDHDHSAARGQMNARGLYVFEHSNNLGDAPADSLFKRIQVVKKDGVEVVRSFDDYLVSVDDKNLEETKLLRKLGG

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Phage associated protein
分子量 formula_weight	14245.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,G,J

GLDRNRQDIGYVLGRLFAVLEKIQAEANPGLNATIADRYFGSASSTPIAVFGTLMRLLPHHLNKLEFEGRAVQLQWEIRQILEHCQRFPNHLNLEQQGLFAIGYYHETQFLFTKDALKNLFNEA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, Csd1 family
分子量 formula_weight	64718.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MILHALTQYYQRKAESDGGIAQEGFENKEIPFIIVIDKQGNFIQLEDTRELKVKKKVGRTFLVPKGLGRSGSKSYEVSNLLWDHYGYVLAYAGEKGQEQADKQHASFTAKVNELKQALPDDAGVTAVAAFLSSAEEKSKVMQAANWAECAKVKGCNLSFRLVDEAVDLVCQSKAVREYVSQANQTQSDNAQKGICLVTGKAAPIARLHNAVKGVNAKPAPFASVNLSAFESYGKEQGFAFPIGEQAMFEYTTALNTLLAGENRFRIGDVTTVCWGAKRTPLEESLASMINGGGKDNPDAHIDAVKALYKSLYNGQYCKPDGEDKFYLLGLSPNSARIVVRFWHETTVAALSESIAAWYDDLQMVRGENSPYPEYMPLPRLLGNLVLDGKMENLPSDLIAQITDAALNNRVLPVSLLQAALRRNKAEQKITYGRASLLKAYINRAIRAGRLKNMKELTMGLDRNRQDIGYVLGRLFAVLEKIQAEANPGLNATIADRYFGSASSTPIAVFGTLMRLLPHHLNKLEFEGRAVQLQWEIRQILEHCQRFPNHLNLEQQGLFAIGYYHETQFLFTKDALKNLFNEA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	crRNA (43-MER)
分子量 formula_weight	13816.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GUUGAAACAGGGUCAGCUUGCCGUAGGUGGCAUCGCCCUCGUC

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Traget strand DNA (53-MER)
分子量 formula_weight	16410.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

AGGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGC

Entity 7 polymer

描述 description	pre-crRNA processing endonuclease
分子量 formula_weight	23870.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

RFILEISGDLACFTRSELKVERVSYPVITPSAARNILMAILWKPAIRWKVLKIEILKPIQWTNIRRNEVGTKMSERSGSLYIEDNRQQRASMLLKDVAYRIHADFDMTSEAGESDNYVKFAEMFKRRAKKGQYFHQPYLGCREFPCDFRLLEKAEDGLPLEDITQDFGFMLYDMDFSKSDPRDSNNAEPMFYQCKAVNGVITVPP

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	;proximal nontarget strand DNA (5'-D(PAPTPGPAPAPCPTPTPCPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6160.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

ATGAACTTCAAAAAAAAAAA

Entity 9 polymer

描述 description	;Distal nontarget DNA (5'-D(PTPTPAPTPAPTPTPAPAPTPAPTPTPAPTPAPTPTPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6111.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Q

TTATATTAATATTATATTTA

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria lactamica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	307088

fit	/app/data/saxs_computation/g9/8g9u/8g9u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/8g9u/8g9u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/8g9u/8g9u.dat

Exploiting Activation and Inactivation Mechanisms in Type I-C CRISPR-Cas3 for Genome Editing Applications

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)