8g9z

High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-derived SepSecS-tRNASec complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g9z
沉积日期 deposition_date	2023-02-22
结构标题 title	High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-derived SepSecS-tRNASec complex
关键词 keywords	Selenocysteine synthesis, tRNA-binding, Protein biosynthesis, TRANSFERASE, Transferase-RNA complex; Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.29 Å
零角强度 I(0) i0	968174000.00
分子量 molecular_weight	234700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282960 Å³
包络体积 envelope_volume	430130 Å³
水化壳体积 shell_volume	70123 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.83 Å
包络 Rg envelope_rg	50.71 Å
形状 Rg shape_rg	52.36 Å
总 Rg total_rg	52.12 Å
总原子数 total_atoms	16134
残基数 n_residues	1859
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.5 Å
Rg (实空间) rg_real	50.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	967900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8674
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.668

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
分子量 formula_weight	58741.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.9.1.2
突变 mutation	V491A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19942

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNRESFAAGERLVSPAYVRQGCEARRSHEHLIRLLLEKGKCPENGWDESTLELFLHELAIMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYRFIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLDIIKLAGVHTVANCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKVQELGPDCILCIHSTTSCFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHIVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNDSFIQEISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGSNGYKKLLKERKEMFSYLSNQIKKLSEAYNERLLHTPHNPISLAMTLKTLDEHRDKAVTQLGSMLFTRQVSGARVVPLGSMQTVSGYTFRGFMSHTNNYPCAYLNAASAIGMKMQDVDLFIKRLDRCLKAVRKERSKESDDNYDKTEDVDIEEMALKLDNALLDTYQDASS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (90-MER)
分子量 formula_weight	28908.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCCCGGAUGAUCCUCAGUGGUCUGGGGUGCAGGCUUCAAACCUGUAGCUGUCUAGCGACAGAGUGGUUCAAUUCCACCUUUCGGGCGCCA

Entity 3 non-polymer

描述 description	(5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE
分子量 formula_weight	233.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1331

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.183 Å
晶胞边长 b length_b	167.183 Å
晶胞边长 c length_c	239.087 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 31 1 2
空间群编号 int_tables_number	151
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	34.250 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.1900

fit	/app/data/saxs_computation/g9/8g9z/8g9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/8g9z/8g9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/8g9z/8g9z.dat

High-resolution crystal structure of the human selenomethionine-derived SepSecS-tRNASec complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)