8gai

Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with Bimax2 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gai
沉积日期 deposition_date	2023-02-22
结构标题 title	Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with Bimax2 peptide
关键词 keywords	Complex, inhibitor, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.96 Å
零角强度 I(0) i0	150892000.00
分子量 molecular_weight	100260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126350 Å³
包络体积 envelope_volume	165220 Å³
水化壳体积 shell_volume	39174 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.32 Å
包络 Rg envelope_rg	37.28 Å
形状 Rg shape_rg	36.94 Å
总 Rg total_rg	37.24 Å
总原子数 total_atoms	14243
残基数 n_residues	911
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.9 Å
Rg (实空间) rg_real	37.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7671
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.589
峰度 Kurtosis kurtosis	0.064
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.524; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.449; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Importin subunit alpha
分子量 formula_weight	51239.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14402

QSTSPLQENRNNQGTVNWTVDDIVKGINSNNLENQLQATQAARKLLSREKQPPIDHIIRAGLIPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGSSEQTKAVVDGGAIPALISLLASPHAHISEQAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAIDPLLALLAVPDMSSLAGGYLRNLTWTLSNLCRNKNPAPPLDAVEQILPTLVRLLHHNDLEVLADTCWAISYLTDGPNERIEMVVKTGVVPHLVKLLGSNELSIMTPALRAIGNIVTGTDEQTQIVIDAGALAVFPSLLVHPKTNIQKEATWTMSNITAGRQDQIQQVVNHGLVPILVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCGIIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHENESVYKASLNLIEKYFSVEEEEDQTVVPETTSEGYTFQVQDGAPGSFNF

来源 Source

来源生物 organism	Cavia porcellus
通用名 common_name	domestic guinea pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10141
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Bimax2
分子量 formula_weight	3936.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QSGSRRRRRRKRKREWDDDDDPPKKRRRLD

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8gaiA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	8gaiC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.008 Å
晶胞边长 b length_b	99.269 Å
晶胞边长 c length_c	123.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.2044
R_work r_work	0.2023
R_free r_free	0.2411

fit	/app/data/saxs_computation/ga/8gai/8gai.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/8gai/8gai.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/8gai/8gai.dat

Cavia porcellus (guinea pig) importin-alpha 1 in complex with Bimax2 peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)