8gao

bacteriophage T4 stalled primosome with mutant gp41-E227Q

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gao
沉积日期 deposition_date	2023-02-23
结构标题 title	bacteriophage T4 stalled primosome with mutant gp41-E227Q
关键词 keywords	phage, complex, helicase, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.24 Å
零角强度 I(0) i0	1713710000.00
分子量 molecular_weight	342200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	427370 Å³
包络体积 envelope_volume	584150 Å³
水化壳体积 shell_volume	102330 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.44 Å
包络 Rg envelope_rg	43.84 Å
形状 Rg shape_rg	45.29 Å
总 Rg total_rg	45.39 Å
总原子数 total_atoms	23987
残基数 n_residues	2954
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1715000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6869
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.008
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	181900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DnaB-like replicative helicase
分子量 formula_weight	48796.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
突变 mutation	E227Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	23987

MVEIILSHLIFDQAYFSKVWPYMDSEYFESGPAKNTFKLIKSHVNEYHSVPSINALNVALENSSFTETEYSGVKTLISKLADSPEDHSWLVKETEKYVQQRAMFNATSKIIEIQTNAELPPEKRNKKMPDVGAIPDIMRQALSISFDSYVGHDWMDDYEARWLSYMNKARKVPFKLRILNKITKGGAETGTLNVLMAGVNVGKSLGLCSLAADYLQLGHNVLYISMQMAEEVCAKRIDANMLDVSLDDIDDGHISYAEYKGKMEKWREKSTLGRLIVKQYPTGGADANTFRSLLNELKLKKNFVPTIIIVDYLGICKSCRIRVYSENSYTTVKAIAEELRALAVETETVLWTAAQVGKQAWDSSDVNMSDIAESAGLPATADFMLAVIETEELAAAEQQLIKQIKSRYGDKNKWNKFLMGVQKGNQKWVEIE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA primase
分子量 formula_weight	39510.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

SIPWIDNEFAYRALAHLPKFTQVNNSSTFKLRFRCPVCGDSKTDQNKARGWYYGDNNEGNIHCYNCNYHAPIGIYLKEFEPDLYREYIFEIRKEKGKSRPIEKPKELPKQPEKKIIKSLPSCVRLDKLAEDHPIIKYVKARCIPKDKWKYLWFTTEWPKLVNSIAPGTYKKEISEPRLVIPIYNANGKAESFQGRALKKDAPQKYITIEAYPEATKIYGVERVKDGDVYVLEGPIDSLFIENGIAITGGQLDLEVVPFKDRRVWVLDNEPRHPDTIKRMTKLVDAGERVMFWDKSPWKSKDVNDMIRKEGATPEQIMEYMKNNIAQGLMAKMRLSKYAK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (70-mer)
分子量 formula_weight	3605.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

TTTTTTTTTTTT

Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((GTP))-R(PCPCPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1745.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GCCGA

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (70-mer)
分子量 formula_weight	21900.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GAATGAGGAGTAGTAGTGAATGTAGTGAGGTAATATCGGCTGGTCTGGTCTGTGCCAAGTTGCTGCAAAA

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	272868

fit	/app/data/saxs_computation/ga/8gao/8gao.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/8gao/8gao.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/8gao/8gao.dat

bacteriophage T4 stalled primosome with mutant gp41-E227Q

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)