8gcs

XFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam for 3 ms

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gcs
沉积日期 deposition_date	2023-03-03
最后修订 last_revision	2023-09-20
结构标题 title	XFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam for 3 ms
关键词 keywords	Beta lactamase, sulbactam, inhibitor, HYDROLASE, HYDROLASE-Inhibitor complex; HYDROLASE/Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.89 Å
零角强度 I(0) i0	212543000.00
分子量 molecular_weight	113250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140510 Å³
包络体积 envelope_volume	179230 Å³
水化壳体积 shell_volume	45121 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.60 Å
包络 Rg envelope_rg	30.92 Å
形状 Rg shape_rg	31.91 Å
总 Rg total_rg	32.54 Å
总原子数 total_atoms	7972
残基数 n_residues	1060
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9101
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.033
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.708
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	152800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.953

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	28400.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8124

GADLADRFAELERRYDARLGVYVPATGTTAAIEYRADERFAFCSTFKAPLVAAVLHQNPLTHLDKLITYTSDDIRSISPVAQQHVQTGMTIGQLCDAAIRYSDGTAANLLLADLGGPGGGTAAFTGYLRSLGDTVSRLDAEEPELNRDPPGDERDTTTPHAIALVLQQLVLGNALPPDKRALLTDWMARNTTGAKRIRAGFPADWKVIDKTGTGDYGRANDIAVVWSPTGVPYVVAVMSDRAGGGYDAEPREALLAEAATCVAGVLA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis str. Beijing/W BT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	634955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.500 Å
晶胞边长 b length_b	98.790 Å
晶胞边长 c length_c	111.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	22.010 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2661

fit	/app/data/saxs_computation/gc/8gcs/8gcs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/8gcs/8gcs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/8gcs/8gcs.dat

XFEL structure of Mycobacterium tuberculosis beta lactamase microcrystals mixed with sulbactam for 3 ms

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction