SAXSdb — 8gda

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gda
沉积日期 deposition_date	2023-03-03
结构标题 title	Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein
关键词 keywords	GPCR complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.72 Å
零角强度 I(0) i0	182778000.00
分子量 molecular_weight	108590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135920 Å³
包络体积 envelope_volume	180920 Å³
水化壳体积 shell_volume	44399 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.24 Å
包络 Rg envelope_rg	34.60 Å
形状 Rg shape_rg	34.74 Å
总 Rg total_rg	35.07 Å
总原子数 total_atoms	7650
残基数 n_residues	1036
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6400
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.443
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.243
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.410

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子量 formula_weight	45727.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7650

MGCLGNSKTEDQRNEEKAQREANKKIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGAGESGKNTIVKQMRILHVNGFNGEGGEEDPQAARSNSDGEKATKVQDIKNNLKEAIETIVAAMSNLVPPVELANPENQFRVDYILSVMNVPDFDFPPEFYEHAKALWEDEGVRACYERSNEYQLIDCAQYFLDKIDVIKQDDYVPSDQDLLRCRVLTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVASSSYNMVIREDNQTNRLQAALKLFDSIWNNKWLRDTSVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCAVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	38458.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
分子量 formula_weight	12104.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MWRELPLGLGELHKDHQASRKLEPELWSVSENPPSTSMASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 4 polymer

描述 description	NB35
分子量 formula_weight	13885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	unidentified

Entity 5 polymer

描述 description	Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
分子量 formula_weight	53173.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MSTPGVNSSASLSPDRLNSPVTIPAVMFIFGVVGNLVAIVVLCKSRKEQKETTFYTLVCGLAVTDLLGTLLVSPVTIATYMKGQWPGGQPLCEYSTFILLFFSLSGLSIICAMSVERYLAINHAYFYSHYVDKRLAGLTLFAVYASNVLFCALPNMGLGSSRLQYPDTWCFIDWTTNVTAHAAYSYMYAGFSSFLILATVLCNVLVCGALLRMHRQFMRRTSLGTEQHHAAAAASVASRGHPAASPALPRLSDFRRRRSFRRIAGAEIQMVILLIATSLVVLICSIPLVVRVFVNQLYQPSLEREVSKNPDLQAIRIASVNPILDPWIYILLRKTVLSKAIEKIKCLFCRIGGSRRERSGQHCSDSQRTSSAMSGHSRSFISRELKEISSTSQTLLPDLSLPDLSENGLGGRNLLPGVPGMGLAQEDTTSLRTLRISETSDSSQGQDSESVLLVDEAGGSGRAGPAPKGSSLQVTFPSETLNLSEKCI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S,5R)-5-[(1E,3S)-4,4-difluoro-3-hydroxy-4-phenylbut-1-en-1-yl]-1-[6-(1H-tetrazol-5-yl)hexyl]pyrrolidin-2-ol
分子量 formula_weight	421.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	279955

fit	/app/data/saxs_computation/gd/8gda/8gda.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gd/8gda/8gda.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gd/8gda/8gda.dat

Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)