8gdv

Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with CPSF6 peptide and IP6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gdv
沉积日期 deposition_date	2023-03-06
结构标题 title	Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with CPSF6 peptide and IP6
关键词 keywords	HIV-1 capsid, IP6, CPSF6, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.27 Å
零角强度 I(0) i0	313781000.00
分子量 molecular_weight	141150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	175980 Å³
包络体积 envelope_volume	232530 Å³
水化壳体积 shell_volume	54135 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.73 Å
包络 Rg envelope_rg	33.94 Å
形状 Rg shape_rg	34.33 Å
总 Rg total_rg	34.68 Å
总原子数 total_atoms	9895
残基数 n_residues	1295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	313800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9072
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.629
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Gag polyprotein
分子量 formula_weight	25443.2 kDa
突变 mutation	A14C, E45C, W184A, M185A, M66I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9980

PIVQNLQGQMVHQCISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSCGATPQDLNTMLNTVGGHQAAIQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNAATETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
分子量 formula_weight	1550.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

PVLFPGQPFGQPPLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.172 Å
晶胞边长 b length_b	133.172 Å
晶胞边长 c length_c	205.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	47.880 Å
R 因子 r_factor	0.3094
R_work r_work	0.3075
R_free r_free	0.3473

fit	/app/data/saxs_computation/gd/8gdv/8gdv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gd/8gdv/8gdv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gd/8gdv/8gdv.dat

Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with CPSF6 peptide and IP6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)