8get

R. hominis 2 beta-glucuronidase bound to norquetiapine-glucuronide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 194.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8get
沉积日期 deposition_date	2023-03-07
结构标题 title	R. hominis 2 beta-glucuronidase bound to norquetiapine-glucuronide
关键词 keywords	beta-glucuronidase, inhibitor, glucuronide, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.75 Å
零角强度 I(0) i0	1274770000.00
分子量 molecular_weight	292280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	362100 Å³
包络体积 envelope_volume	494620 Å³
水化壳体积 shell_volume	80110 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.7 Å
壳层 Rg shell_rg	53.58 Å
包络 Rg envelope_rg	53.03 Å
形状 Rg shape_rg	53.75 Å
总 Rg total_rg	53.74 Å
总原子数 total_atoms	20810
残基数 n_residues	2565
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.4 Å
Rg (实空间) rg_real	53.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1274000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8432
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.517
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.146
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.790

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	beta-galactosidase
分子量 formula_weight	86052.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20810

MREVINFNTKWAFTKEATEVPKEMPEKWYWVTLPHSWNEIDGQDGGNDYYRGTCYYAKQLKKSELPEADCYYLELRGANASADVYVNGKAVAHHDGGYSTWRVDITKELTEEENLIVIAVENGVNDRVYPQNADFTFYGGLYRDVNIIAVNKSHFDLDYYGGPGIKVTPEIKGADASVEVEVFLTNAAADQKLVYTVKDAEGKEVAKTETAAGETKAVLSIPAVHLWNGKKDPYLYTAEVALVSGEEAVDAVSTRFGCRTFEIDPERGFILNGEEYPLRGVSRHQDRWGIGNALLPEHHREDIDLICELGATTIRLAHYQHDQYFYDLCDERGLVIWAEIPYISSHMPNGRENTISQMKELVVQNYNHPSIVVWGLSNEITMAGSSDEDLLENHRILNDMVHEMDHTRLTTIAVVSMCDIHDPYIQIPDVISYNHYFGWYGGDVSMNGPWMDNFHKEFPNIPLGMSEYGCEALNWHTSDPKQGDYTEEYQAYYHEEMIKQLFTRKYIWATHVWNMFDFGADARNEGGENGQNHKGLVTFDRKYKKDSFYAYKAWLSDEPFVHLCGKRYVDRVEDTTKVTVYSNLPEVELFVNGKSAGKLQAEDHFFHFEVPNVGESTLVAVAGEYKDESHIRKVDTFNEEYSLKESGAILNWFDITEPEGYYSLNDRLSDIMKSEEGKALFMGLMSKVAAGMSQGNEKNDGNPAAGAMANPKMLEMLGGFTVIRMINLMGAAGPKVEWKKEDLLGLNAQLNKIKRVD

来源 Source

来源生物 organism	Roseburia hominis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301301
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranuronic acid
分子量 formula_weight	194.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	11-(4-beta-D-glucopyranuronosylpiperazin-1-yl)dibenzo[b,f][1,4]thiazepine
分子量 formula_weight	471.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	100.466 Å
晶胞边长 b length_b	146.290 Å
晶胞边长 c length_c	281.432 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.050 Å
R 因子 r_factor	0.2251
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/ge/8get/8get.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/8get/8get.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/8get/8get.dat

R. hominis 2 beta-glucuronidase bound to norquetiapine-glucuronide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction