SAXSdb — 8gf6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gf6
沉积日期 deposition_date	2023-03-07
最后修订 last_revision	2023-06-28
结构标题 title	Apo-apo MCR assembly intermediate
关键词 keywords	methanogenesis, MCR complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.44 Å
零角强度 I(0) i0	1053760000.00
分子量 molecular_weight	260830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	323780 Å³
包络体积 envelope_volume	381940 Å³
水化壳体积 shell_volume	78078 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.25 Å
包络 Rg envelope_rg	38.51 Å
形状 Rg shape_rg	38.43 Å
总 Rg total_rg	38.87 Å
总原子数 total_atoms	18315
残基数 n_residues	2416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1054000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.304
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	264100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.741

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
分子量 formula_weight	62180.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	18315

MAADIFAKFKKSMEVKFTQEYGSNKQAGGDITGKTEKFLRLGPEQDARKQEMIKAGKEIAEKRGIAFYNPMMHMGAPLGQRAITPYTISGTDIVAEPDDLHYVNNAAMQQMWDDIRRTCIVGLDMAHETLEKRLGKEVTPETINHYLETLNHAMPGAAVVQEMMVETHPALVDDCYVKIFTGDDELADEIDKQYVINVNKMFSEEQAAQIKASIGKTTWQAIHIPTIVSRTTDGAQTSRWAAMQIGMSFISAYAMCAGEAAVADLSFAAKHAALVSMGEMLPARRARGPNEPGGLSFGHLSDIVQTSRVSKDPAKIALEVVGAGCMLYDQIWLGSYMSGGVGFTQYATAAYTDDILDNNTYYDVDYINDKYNGAANLGTDNKVKATLDVVKDIATESTLYGIETYEKFPTALEDHFGGSQRATVLAAASGVACALATGNANAGLSGWYLSMYVHKEAWGRLGFFGFDLQDQCGATNVLSYQGDEGLPDELRGPNYPNYAMNVGHQGGYAGIAQAAHSGRGDAFTVNPLLKVCFADELMPFNFAEPRREFGRGAIREFMPAGERSLVIPAK

Entity 2 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit beta
分子量 formula_weight	45174.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSDTVDIYDDRGKLLESNVDIMSLAPTRNAAIKKIILDTKRSVAVSLAGIQGALASGKMGGKGRQILGRGLNYDLVGNADAIAENVKNLVQVDEGDDTSVKVIKGGKSLLIQAPSSRIAAGADYMSATTVGAAAVTQTIIDMFGTDMYDAPIAKSAVWGSYPQTMDLMGGNVQGVLSIPQNNEGLGFSLRNIMANHIAAITSRGAMNAAALSSIYEQSGIFEMGGAVGMFERHQLLGLACQGLNANNVVYDIVKENGKDGTIGTVIESIVGRAVEDGVISVDKTAPSGYKFYKANDVPMWNAYAAAGTLAATFVNCGAGRAAQNVSSTLLYFNDILEKETGLPGCDYGKVQGVAVGFSFFSHSIYGGGGPGVFNGNHVVTRHSRGFAIPCVCAAVALDAGTQMFTIESTSGLIGDVFGSIEEFRQPIKAVAGAL

Entity 3 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma
分子量 formula_weight	27630.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MAYEAQYYPGATSVGANRRKHMSGKLEKLREISDEDLTAVLGHRAPGSDYPSTHPPLAEMGEPACSIREAVAATPGAAAGDRVRYVQFADSMYNAPATPYFRSYFAAINFRGVDPGTLSGRQIVEARERDMEQCAKVQMETEMTDPALAGMRGATVHGHSVRLQEDGVMFDMLDRRRLEGGVIIMDKDQVAIPLDRKVNLGKPMSSEEAAKRTTIYRVDNVAFRDDAEVIEWVHRVFDQRTSYGFQPK

Entity 4 polymer

描述 description	Methyl coenzyme M reductase, subunit D
分子量 formula_weight	21842.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MDYKDDDDKGGGWSHPQFEKGGGMSDSASNTEDSIQIEIFPSRILSPETAQKLISELYQVDGIIRVMVQGPRLPERVSAGPGTGEKVEHPLRKPIQIGDQVIELKISVGRIRLEIENAETKEKVRSVCDKMLPFSFEFREGHFLRRKPTVTDYAKLGPETDPRLLGMVDPKAKVNQLVFIEKREKEDDTDKDE

来源 Source

来源生物 organism	Methanosarcina acetivorans C2A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	188937
宿主生物 host_organism	Methanosarcina acetivorans C2A

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8gf6C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

结构域编号 domain_id	8gf6D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94000

fit	/app/data/saxs_computation/gf/8gf6/8gf6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/8gf6/8gf6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/8gf6/8gf6.dat

Apo-apo MCR assembly intermediate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)