8gi8

Kalium channelrhodopsin 1 from Hyphochytrium catenoides (HcKCR1) embedded in peptidisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 76.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gi8
沉积日期 deposition_date	2023-03-13
结构标题 title	Kalium channelrhodopsin 1 from Hyphochytrium catenoides (HcKCR1) embedded in peptidisc
关键词 keywords	Retinal Protein, Channelrhodopsin, Cation channel, Peptidisc, Optogenetics, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.54 Å
零角强度 I(0) i0	11987500.00
分子量 molecular_weight	32834.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43993 Å³
包络体积 envelope_volume	48186 Å³
水化壳体积 shell_volume	20588 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.10 Å
包络 Rg envelope_rg	20.09 Å
形状 Rg shape_rg	19.48 Å
总 Rg total_rg	20.91 Å
总原子数 total_atoms	2315
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7675
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.219
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2011000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Kalium Channelrhodopsin 1
分子量 formula_weight	30515.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2330

MPFYDSRPPEGWPKGSINDMDYPLLGSICAVCCVFVAGSGIWMLYRLDLGMGYSCKPYKSGRAPEVNSLSGIICLLCGTMYAAKSFDFFDGGGTPFSLNWYWYLDYVFTCPLLILDFAFTLDLPHKIRYFFAVFLTLWCGVAAFVTPSAYRFAYYALGCCWFTPFALSLMRHVKERYLVYPPKCQRWLFWACVIFFGFWPMFPILFIFSWLGTGHISQQAFYIIHAFLDLTCKSIFGILMTVFRLELEEHTEVQGLPLNEPETLS

来源 Source

来源生物 organism	Hyphochytrium catenoides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42384
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gi8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	297015

fit	/app/data/saxs_computation/gi/8gi8/8gi8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gi/8gi8/8gi8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gi/8gi8/8gi8.dat