8gih

Structure of Hepatitis B Virus Capsid Y132A mutant in complex with Compound 24

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gih
沉积日期 deposition_date	2023-03-14
结构标题 title	Structure of Hepatitis B Virus Capsid Y132A mutant in complex with Compound 24
关键词 keywords	HBV, Capsid Assembly, Core Protein, Viral Protein, Inhibitor Complex, VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex; VIRAL PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.68 Å
零角强度 I(0) i0	123930000.00
分子量 molecular_weight	90527.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113570 Å³
包络体积 envelope_volume	149520 Å³
水化壳体积 shell_volume	37437 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.39 Å
包络 Rg envelope_rg	31.83 Å
形状 Rg shape_rg	32.70 Å
总 Rg total_rg	33.29 Å
总原子数 total_atoms	6365
残基数 n_residues	809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9037
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.676
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	18004.6 kDa
突变 mutation	Y132A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6413

MGSMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTAAALYRDALESPEHCSPHHTALRQAILCWGDLMTLATWVGTNLEDPASRDLVVSYVNTNVGLKFRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAARPPNAPILSTLPETTVVKLENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis B virus
通用名 common_name	HBV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(6S,8R)-N-(3-bromo-4-fluorophenyl)-8-fluoro-10-methyl-11-oxo-1,3,4,7,8,9,10,11-octahydro-2H-pyrido[4',3':3,4]pyrazolo[1,5-a][1,4]diazepine-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	454.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.780 Å
晶胞边长 b length_b	87.570 Å
晶胞边长 c length_c	103.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	36.900 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/gi/8gih/8gih.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gi/8gih/8gih.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gi/8gih/8gih.dat

Structure of Hepatitis B Virus Capsid Y132A mutant in complex with Compound 24

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction