8gjz

;Structure of a STING receptor from S. pistillata Sp-STING1 bound to 2'3'-cUA ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gjz
沉积日期 deposition_date	2023-03-16
结构标题 title	;Structure of a STING receptor from S. pistillata Sp-STING1 bound to 2'3'-cUA ;
关键词 keywords	STING, cyclic dinucleotide, innate immunity, cGAS, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.97 Å
零角强度 I(0) i0	30467400.00
分子量 molecular_weight	42769.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53637 Å³
包络体积 envelope_volume	63273 Å³
水化壳体积 shell_volume	24309 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.59 Å
包络 Rg envelope_rg	22.37 Å
形状 Rg shape_rg	21.99 Å
总 Rg total_rg	22.71 Å
总原子数 total_atoms	3015
残基数 n_residues	363
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5463
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.442
峰度 Kurtosis kurtosis	0.019
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8467000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.561; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Stimulator of interferon genes protein
分子量 formula_weight	21855.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3063

SNVADGLAWSYYFGYLRLVLPRLELRISESEYFRHKITDRKLFILLPKTCFTCDDIEQADSRVKWVGNLPESKINRGGIKERSYKHAVHEIVMPFPDGTEEKYHFIVEYATPLMSLYDMSRFTDAQLTGSERDHQVVLFIRKLTEILGKSEECKGRYELIPFSGDEDKNKIADILVALHNNANIMVDE

来源 Source

来源生物 organism	Stylophora pistillata
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	50429
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2'3'-cUA
分子量 formula_weight	635.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.429 Å
晶胞边长 b length_b	113.429 Å
晶胞边长 c length_c	259.272 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	49.120 Å
R 因子 r_factor	0.1977
R_work r_work	0.1957
R_free r_free	0.2167

fit	/app/data/saxs_computation/gj/8gjz/8gjz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/8gjz/8gjz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/8gjz/8gjz.dat

;Structure of a STING receptor from S. pistillata Sp-STING1 bound to 2'3'-cUA ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction