8glc

;A1 AncAla: Adenylation domain 1 core construct from ancestral reconstruction of glycopeptide antibiotic biosynthesis, alanine selection pocket ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8glc
沉积日期 deposition_date	2023-03-21
结构标题 title	;A1 AncAla: Adenylation domain 1 core construct from ancestral reconstruction of glycopeptide antibiotic biosynthesis, alanine selection pocket ;
关键词 keywords	AMP-binding enzyme, NRPS, Adenylation domain, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.33 Å
零角强度 I(0) i0	135036000.00
分子量 molecular_weight	91440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114210 Å³
包络体积 envelope_volume	143350 Å³
水化壳体积 shell_volume	39084 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.66 Å
包络 Rg envelope_rg	30.03 Å
形状 Rg shape_rg	30.33 Å
总 Rg total_rg	30.98 Å
总原子数 total_atoms	12812
残基数 n_residues	853
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8921
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.236
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-ribosomal peptide synthetase
分子量 formula_weight	42663.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	12812

MVLELFARHVDRTPDAVAVVDGDRVLTYRQLDELAGRLSGRLISRGVRRGDRVAVMMDRSADLLVALLAVWKAGAAYVPVDAAYPARRVAFMVADSGASLMVCSVATRDGVPEGIESIVVDAATDEGACDASAVTVRPGDLAYVMYTSGSTGTPKGVAVPHRSLAELVGNSGWAMEPGEAVLMHAPYAFDASMFEIWVPLVWGARVVIAGPGPVDARRLREAVAAGVTRAYLTAGSFRAVAEESPESFAGLREVQTGGDLVPAHAVERVREACPRARIRHLYGPTEATVWATWHLLEPGDVMGPVLPIGRPLSGRRAHVLDESLRPVGPGVVGELYLSGAGLADGYLNRAGLTAERFVADPSAPGKRMYRTGDLAQWTADGELLFAGRVDHQGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Actinoplanes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1865
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	MbtH-like short polypeptide
分子量 formula_weight	7636.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

MTNPFDNEDGSFLVLVNGEGQHSLWPAFAEVPDGWTGVHGPASRQDCLGYVEQNWTDLRPKSLISQISD

来源 Source

来源生物 organism	Actinoplanes teichomyceticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1867
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	261.925 Å
晶胞边长 b length_b	261.925 Å
晶胞边长 c length_c	261.925 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	214
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.120 Å
最低分辨率 resolution_low	44.820 Å
R 因子 r_factor	0.2315
R_work r_work	0.2288
R_free r_free	0.2664

fit	/app/data/saxs_computation/gl/8glc/8glc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/8glc/8glc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/8glc/8glc.dat

;A1 AncAla: Adenylation domain 1 core construct from ancestral reconstruction of glycopeptide antibiotic biosynthesis, alanine selection pocket ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)