8glt

Backbone model of de novo-designed chlorophyll-binding nanocage O32-15

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 274.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8glt
沉积日期 deposition_date	2023-03-23
结构标题 title	Backbone model of de novo-designed chlorophyll-binding nanocage O32-15
关键词 keywords	nanocage, helical repeats, chlorophyll-binding, octahedral symmetry, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	122.80 Å
零角强度 I(0) i0	17740400000.00
分子量 molecular_weight	954320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1112600 Å³
包络体积 envelope_volume	3933200 Å³
水化壳体积 shell_volume	276110 Å³
包络直径 envelope_diameter	334.0 Å
壳层 Rg shell_rg	132.20 Å
包络 Rg envelope_rg	102.80 Å
形状 Rg shape_rg	122.80 Å
总 Rg total_rg	122.70 Å
总原子数 total_atoms	67992
残基数 n_residues	13704
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	274.3 Å
Rg (实空间) rg_real	121.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7080e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5250e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	140.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19010000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8115
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	189.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.590
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.412
角度范围 angular_range	— – 0.0650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5200
最高正则化参数 α highest_alpha	5358000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	14
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.006; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	C3-comp_O32-15, polyalanine model
分子量 formula_weight	35889.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,2,4,6,8,A,AB,AC,AE,AF,AG,AH,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y
原子数 atom_count	67992

MSTKEKARQLAEEAKETAEKVGDPELIKLAEQASQEGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGAPDLIRLARIAARVGASEAAKAILLAAEAARVAKEVGDPELERLALLAAVLGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAAERGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSRKAEAILLAAEAARIAKEAGDPEARKKALEAARRGDRELATRILIEALLRLLKKSTAELKRATASLRAITEELKKNPSEDALVEHNRAIVEHNAIIVENNRIIAMVLEAIVRAI

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	C2-chlorophyll-comp_O32-15_ctermHis, polyalanine model
分子量 formula_weight	27800.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,B,BA,BB,BC,BD,BE,BF,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z

MDEEFKFLATEAKMLITAAERLAGTDPRLQEMVALIKKELEQAERTFRNGDKSEAQRQLEFVLTAARAVMNVAAAANAAGTDPLLKAMVDAILWRLKEAIRTFQNGDQEEAETQLRFVLRAAIAVAVVAAALVLAGTDPELQEMVEQIKDLLISAFMAGARGDKEKALTQLLFVAWAAHAVAMIAAAANLAGTDPRLQQQVKEILEKLKEAIETFQKGDEEQAFRQLAEVLAEAALVALRAALTNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	205014

fit	/app/data/saxs_computation/gl/8glt/8glt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/8glt/8glt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/8glt/8glt.dat

Backbone model of de novo-designed chlorophyll-binding nanocage O32-15

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)