8gm8

Crystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UFA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gm8
沉积日期 deposition_date	2023-03-24
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	Crystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UFA
关键词 keywords	MHC, class I, shark, nurse shark, B2m, beta-2-microglobulin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.45 Å
零角强度 I(0) i0	182686000.00
分子量 molecular_weight	109080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136990 Å³
包络体积 envelope_volume	188250 Å³
水化壳体积 shell_volume	46453 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.77 Å
包络 Rg envelope_rg	32.88 Å
形状 Rg shape_rg	33.44 Å
总 Rg total_rg	34.07 Å
总原子数 total_atoms	7664
残基数 n_residues	956
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9067
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.100
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.927

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I protein
分子量 formula_weight	30322.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7672

GSHTLQYLFIYAPQHPDLPELSMSGMLDDLQIEYYDSSLKQIQPRQQWMASKITEDYWQEQNMAVDALQNHIFRKIAPLVTILGIRYIQVLWKCTVENSQNTTAFVKLNVHGLGVVDCDLFTVRCRGLGVFSVLIGMIEDILKNDPTFIQLLNPRCVENLQTVLRAGKTALERKVTPQVLVFERSSTAEMSTPLLCLITAFYPRTINATWLRKGEPVSEDLTVMVLPNHDATYRMEILIDIKNNDPSNYYCQVQHCSLPEALRVT

来源 Source

来源生物 organism	Ginglymostoma cirratum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7801
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	10848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

PGSPNVQVYTYKLIKEGESNVLLCHAKDFSPPNIKLELLENGRIIPNTTQSDLSFESDWSFKLTRYVEFTPQSGYKYSCMVTHNGDSKEIQLDAY

来源 Source

来源生物 organism	Ginglymostoma cirratum
通用名 common_name	nurse shark
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7801
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	59.065 Å
晶胞边长 b length_b	89.865 Å
晶胞边长 c length_c	90.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	63.57 °
晶胞夹角 β angle_beta	78.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.35 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	79.800 Å
R 因子 r_factor	0.2306
R_work r_work	0.2287
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/gm/8gm8/8gm8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gm/8gm8/8gm8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gm/8gm8/8gm8.dat

Crystal structure of shark nonclassical MHC CLASS I, UFA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)