SAXSdb — 8gng

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gng
沉积日期 deposition_date	2022-08-23
结构标题 title	Crystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with istradefylline.
关键词 keywords	adenosine A2A receptor, istradefylline, neutral antagonist, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.39 Å
零角强度 I(0) i0	354366000.00
分子量 molecular_weight	160850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203550 Å³
包络体积 envelope_volume	288450 Å³
水化壳体积 shell_volume	50524 Å³
包络直径 envelope_diameter	209.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.86 Å
包络 Rg envelope_rg	56.87 Å
形状 Rg shape_rg	55.39 Å
总 Rg total_rg	54.98 Å
总原子数 total_atoms	11319
残基数 n_residues	1440
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.5 Å
Rg (实空间) rg_real	50.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	353300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6635
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.723
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4981
最高正则化参数 α highest_alpha	12200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.950; Stabil: 0.991; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenosine receptor A2a
分子量 formula_weight	37334.0 kDa
突变 mutation	A54L, T88A, K122A, N154Q, V239A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,X
原子数 atom_count	11322

DYDDDDKMPIMGSSVYITVELAIAVLAILGNVLVCWAVWLNSNLQNVTNYFVVSLAAADILVGVLAIPFAITISTGFCAACHGCLFIACFVLVLAQSSIFSLLAIAIDRYIAIRIPLRYNGLVTGTRAAGIIAICWVLSFAIGLTPMLGWNNCGQPKEGKQHSQGCGEGQVACLFEDVVPMNYMVYFNFFACVLVPLLLMLGVYLRIFLAARRQLKQMESQPLPGERARSTLQKEVHAAKSLAIIAGLFALCWLPLHIINCFTFFCPDCSHAPLWLMYLAIVLSHTNSVVNPFIYAYRIREFRQTFRKIIRSHVLRQQEPFKAHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	antibody fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23527.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y

DIVMTQSPASLSASVGDTVTITCRASEFIYSSLTWYQQKQGGSPQLLVYAATNLADAVPSRFSGSGSGTQFSLKINRLQPEDFGTYYCQHFYGSTWAFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 3 polymer

描述 description	antibody fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	24294.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,Z

EVQLQQSGAELVKPGSSVKISCKTSGDSFTAYNMNWVKQSHGKSLEWIGNINPYYGSTRYNQKFKGKATLTVDKSSSTAYIQLNSLTSEDSAVYYCAREGNYYDGGSVRYFDYWGQGTTLTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTSGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGP

Entity 4 non-polymer

描述 description	8-[(~{E})-2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethenyl]-1,3-diethyl-7-methyl-purine-2,6-dione
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8gngH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngY01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngY02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngZ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gngZ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.590 Å
晶胞边长 b length_b	134.840 Å
晶胞边长 c length_c	42.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.72 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.38 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.570 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2181
R_free r_free	0.2769

fit	/app/data/saxs_computation/gn/8gng/8gng.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/8gng/8gng.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/8gng/8gng.dat

Crystal structure of human adenosine A2A receptor in complex with istradefylline.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)