8gpw

Structure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella pneumoniae with ligand 18G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gpw
沉积日期 deposition_date	2022-08-27
结构标题 title	Structure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella pneumoniae with ligand 18G
关键词 keywords	penicillin binding, cell wall organization or biogenesis, plasma membrane, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.78 Å
零角强度 I(0) i0	115333000.00
分子量 molecular_weight	85935.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107920 Å³
包络体积 envelope_volume	129180 Å³
水化壳体积 shell_volume	35960 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.68 Å
包络 Rg envelope_rg	30.88 Å
形状 Rg shape_rg	30.77 Å
总 Rg total_rg	31.30 Å
总原子数 total_atoms	6076
残基数 n_residues	794
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8298
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.124
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.453

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
分子量 formula_weight	43625.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.16.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6240

STSRGMITDRSGRPLAVSVPVGGGESRRYYPSGEVTAHLIGFTNVDSQGIEGVEKSFDKWLTGQGGGAAHNLALSIDERLQALVYRELNNAVAFNKAESGSAVLVDVNTGEVLAMANSPSYNPNNFAGTAKDTMRNRAITDVFEPGSTVKPMVVMTALQRGIVNENTVLNTVPYRINGHEIKDVARYSELTLTGVLQKSSNVGVSKLALAMPSSALVDTYSRFGLGKATNLGLVGERSGLYPQKQRWSDIERATFSFGYGLMVTPLQLARVYATIGSYGIYRPLSITKVDPPVPGERVFPESLVRTVVHMMESVALPGGGGVKAAIKGYRIAIKTGTAKKVGPDGRYINKYIAYTAGVAPASHPRFALVVVINDPQAGKYYGGAVSAPVFGAIMGGVLRTMNIEPDALAT

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-[(~{Z})-[1-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-3-(sulfooxyamino)butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethylidene]amino]oxycyclopropane-1-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	465.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	164

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gpwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1310 — Penicillin-binding protein 2a (Domain 2)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Penicillin-binding protein 2a (Domain 2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.400 Å
晶胞边长 b length_b	103.660 Å
晶胞边长 c length_c	80.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	43.540 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2359

fit	/app/data/saxs_computation/gp/8gpw/8gpw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gp/8gpw/8gpw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gp/8gpw/8gpw.dat

Structure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella pneumoniae with ligand 18G

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction