SAXSdb — 8gri

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gri
沉积日期 deposition_date	2022-09-01
结构标题 title	Orf1-E312A-glycine-glycylthricin
关键词 keywords	glycine complex cysteine-adduct, OXIDOREDUCTASE glycylthricin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.18 Å
零角强度 I(0) i0	2665490000.00
分子量 molecular_weight	421740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	522330 Å³
包络体积 envelope_volume	729400 Å³
水化壳体积 shell_volume	100840 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.8 Å
壳层 Rg shell_rg	63.00 Å
包络 Rg envelope_rg	57.83 Å
形状 Rg shape_rg	59.18 Å
总 Rg total_rg	59.26 Å
总原子数 total_atoms	29720
残基数 n_residues	3829
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.0 Å
Rg (实空间) rg_real	59.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2665000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8580
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.333

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	N-formimidoyl fortimicin A synthase
分子量 formula_weight	55081.9 kDa
突变 mutation	E312A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,F
原子数 atom_count	30454

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMMSKTADAPGQTDVIVVGNGVLGLSVGVEIARTRPDVRVTLLGKPARQYGATPAAGAMLGAFGEVTAHALASEHGRKKHALAVQAQRLWPEWIESLEATGTAADGRIKTADDTVVLLNTVGHSALDDANFAAVLTALKEANAPHEEIAVESVDWIDPDPNSRPLRALHIEGEGSVDSGILLAALERSFLQAGGRLHPVDATEIRASHGRVEGVVTDDGDFLPAGHVVVAAGARSQRLVAALPGLAHRIPRIYDGVGVSALVDTWDGSGPATVLRTSNRAFACGLHLVPRAGGSVYIGATNAVCLEPRGAASIAETVFLFNCATHQLHRGLNGSELRKVQVGSRPAPIDGFPLIGGTSVEGLWMLSGTYRDGLHMSPLLARHVVSLMDGGTGVDGLREFRPERDLISAWSREEILDDVVRHTMATGYEFPWRLPLEWPHMMETFLQGPFAELADRLSDTYTPPADLMTAIMFSEREQQDELIAYYADVHREWH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces luteocolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	285500
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	N-formimidoyl fortimicin A synthase
分子量 formula_weight	54994.9 kDa
突变 mutation	E312A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,G,H

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMMSKTADAPGQTDVIVVGNGVLGLSVGVEIARTRPDVRVTLLGKPARQYGATPAAGAMLGAFGEVTAHALASEHGRKKHALAVQAQRLWPEWIESLEATGTAADGRIKTADDTVVLLNTVGHSALDDANFAAVLTALKEANAPHEEIAVESVDWIDPDPNSRPLRALHIEGEGSVDSGILLAALERSFLQAGGRLHPVDATEIRASHGRVEGVVTDDGDFLPAGHVVVAAGARSQRLVAALPGLAHRIPRIYDGVGVSALVDTWDGSGPATVLRTSNRAFACGLHLVPRAGGSVYIGATNAVCLEPRGAASIAETVFLFNCATHQLHRGLNGSELRKVQVGSRPAPIDGFPLIGGTSVEGLWMLSGTYRDGLHMSPLLARHVVSLMDGGTGVDGLREFRPERDLISAWSREEILDDVVRHTMATGYEFPWRLPLEWPHMMETFLQGPFAELADRLSDTYTPPADLMTAIMFSEREQQDELIAYYADVHREWH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces luteocolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	285500
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	;[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(~{E})-[(3~{a}~{S},7~{R},7~{a}~{S})-7-oxidanyl-4-oxidanylidene-3,3~{a},5,6,7,7~{a}-hexahydro-1~{H}-imidazo[4,5-c]pyridin-2-ylidene]amino]-5-(2-azanylethanoylamino)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate ;
分子量 formula_weight	431.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	686

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.294 Å
晶胞边长 b length_b	108.080 Å
晶胞边长 c length_c	133.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.34 °
晶胞分子数 Z z_pdb	5

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.365 Å
最低分辨率 resolution_low	29.672 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2074
R_free r_free	0.2334

fit	/app/data/saxs_computation/gr/8gri/8gri.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gr/8gri/8gri.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gr/8gri/8gri.dat

Orf1-E312A-glycine-glycylthricin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)