8gs5

Crystal structure of a constitutively active mutant of human IDH3 holoenzyme in apo form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 240.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gs5
沉积日期 deposition_date	2022-09-04
结构标题 title	Crystal structure of a constitutively active mutant of human IDH3 holoenzyme in apo form
关键词 keywords	Isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent IDH, assembly, allosteric regulation, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.99 Å
零角强度 I(0) i0	4578570000.00
分子量 molecular_weight	561820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	699250 Å³
包络体积 envelope_volume	1078100 Å³
水化壳体积 shell_volume	134740 Å³
包络直径 envelope_diameter	222.1 Å
壳层 Rg shell_rg	67.23 Å
包络 Rg envelope_rg	64.89 Å
形状 Rg shape_rg	66.99 Å
总 Rg total_rg	67.01 Å
总原子数 total_atoms	39351
残基数 n_residues	5370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	240.1 Å
Rg (实空间) rg_real	67.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4579000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8542
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	83.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.291
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0013
最高正则化参数 α highest_alpha	183100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.831

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
分子量 formula_weight	36625.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.41
突变 mutation	Q139A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,G,E,K,I,O,M
原子数 atom_count	39351

TGGVQTVTLIPGDGIGPEISAAVMKIFDAAKAPIQWEERNVTAIQGPGGKWMIPSEAKESMDKNKMGLKGPLKTPIAAGHPSMNLLLRKTFDLYANVRPCVSIEGYKTPYTDVNIVTIRENTEGEYSGIEHVIVDGVVASIKLITEGASKRIAEFAFEYARNNHRSNVTAVHKANIMRMSDGLFLQKCREVAESCKDIKFNEMYLDTVCLNMVQDPSQFDVLVMPNLYGDILSDLCAGLIGGLGVTPSGNIGANGVAIFESVHGTAPDIAGKDMANPTALLLSAVMMLRHMGLFDHAARIEAACFATIKDGKSLTKDLGGNAKCSDFTEEICRRVKDLD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit gamma, mitochondrial
分子量 formula_weight	38867.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

FSEQTIPPSAKYGGRHTVTMIPGDGIGPELMLHVKSVFRHACVPVDFEEVHVSSNADEEDIRNAIMAIRRNRVALKGNIETNHNLPPSHKSRNNILRTSLDLYANVIHCKSLPGVVTRHKDIDILIVRENTEGEYSSLEHESVAGVVESLKIITKAKSLRIAEYAFKLAQESGRKKVTAVHKANIMKLGDGLFLQCCREVAARYPQITFENMIVDNTTMQLVSRPQQFDVMVMPNLYGNIVNNVCAGLVGGPGLVAGANYGHVYAVFETATRNTGKSIANKNIANPTATLLASCMMLDHLKLHSYATSIRKAVLASMDNENMHTPDIGGQGTTSEAIQDVIRHIRVINGRAVEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
分子量 formula_weight	39152.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

ASRSQAEDVRVEGSFPVTMLPGDGVGPELMHAVKEVFKAAAVPVEFQEHHLSEVQNMASEEKLEQVLSSMKENKVAIIGKIHTPMEYKGELASYDMRLRRKLDLFANVVHVKSLPGYMTRHNNLDLVIIREQTEGEYSSLEHESARGVIECLKIVTRAKSQRIAKFAFDYATKKGRGKVTAVHKANIMKLGDGLFLQCCEEVAELYPKIKFETMIIDNCCMQLVQNPYQFDVLVMPNLYGNIIDNLAAGLVGGAGVVPGESYSAEYAVFETGARHPFAQAVGRNIANPTAMLLSASNMLRHLNLEYHSSMIADAVKKVIKVGKVRTSDMGGYATCHDFTEEICRRVKDLDEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	159.259 Å
晶胞边长 b length_b	490.331 Å
晶胞边长 c length_c	330.456 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.486 Å
最低分辨率 resolution_low	30.542 Å
R 因子 r_factor	0.2685
R_work r_work	0.2675
R_free r_free	0.2864

fit	/app/data/saxs_computation/gs/8gs5/8gs5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gs/8gs5/8gs5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gs/8gs5/8gs5.dat

Crystal structure of a constitutively active mutant of human IDH3 holoenzyme in apo form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)