SAXSdb — 8gsd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gsd
沉积日期 deposition_date	2022-09-06
结构标题 title	Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab
关键词 keywords	E3 Full particle, Echovirus3 Full particle, antibody, 6D10, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.52 Å
零角强度 I(0) i0	219357000.00
分子量 molecular_weight	118210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147250 Å³
包络体积 envelope_volume	194290 Å³
水化壳体积 shell_volume	46372 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.79 Å
包络 Rg envelope_rg	35.91 Å
形状 Rg shape_rg	35.50 Å
总 Rg total_rg	35.94 Å
总原子数 total_atoms	8318
残基数 n_residues	1061
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	219300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6599
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.463
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	36880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.028; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.872

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of 6D10
分子量 formula_weight	12938.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	8318

EVQLQQSGPELARPWASVKISCQAFYTFSNYGMQWVKQSPGQGLEWIGPFYPGNADTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQFSSLTSEDSAVYYCARVVATTDFDYWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of 6D10
分子量 formula_weight	12652.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

YIEASQSPSSLAVSVGEKVTMSCKSSQSLLYSSNQKNYLAWFQQKPGQSPKLLIYWASTRESGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSVKAEDLAVYYCQQYYSYPYTFGGGTKLKIKR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 3 polymer

描述 description	Genome polyprotein (Fragment)
分子量 formula_weight	32801.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GDVEEAIDRAVARVADTMPTGPRNTESVPALTAVETGHTSQVVPGDTMQTRHVKNYHSRTESSIENFLCRAACVYIATYKSAGGTPTERYASWRINTRQMVQLRRKFELFTYLRFDMEITFVITSTQDPGTQLAQDMPVLTHQIMYIPPGGPVPNSATDFAWQSSTNPSIFWTEGCAPARMSVPFISIGNAYSNFYDGWSHFTQEGVYGFNSLNNMGHIYVRHVNEQSLGVSTSTLRVYFKPKHVRAWVPRPPRLSPYVKSSNVNFKPTAVTTERKDINDVGTLRPVGYTNH

Entity 4 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	29134.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

PTVEECGFSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPSYLQDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLDSIQWQKESDGWWWKFPEALKNMGLFGQNMEYHYLGRSGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSDVEREVVAASLSSEDTAKSFSRTESNGQHTVQTVVYNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHYNFTLMIIPFAKLEYTEQASNYVPITVTVAPMCAEYNGLRLASHQ

Entity 5 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	26282.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPTMLTPGSNQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMKIPGEVHNLMEIAEVDSVVPVNNTKENINSMEAYRIPVTGGDQLHTQVFGFQMQPGLNSVFKRTLLGEILNYYAHWSGSVKLTFVFCGSAMATGKFLLAYSPPGASPPQNRKQAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRLVQQDEYTSAGYVTCWYQTGLIVPPGAPPSCTILCFASACNDFSVRMLRDTPFIEQTQLLQ

Entity 6 polymer

描述 description	Genome polyprotein (Fragment)
分子量 formula_weight	7533.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MGAQVSTQKTGAHETSLTASGNSTIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPSKFTEPMKDVMIKSLPALN

Entity 7 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8gsd201
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8gsdL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65284

fit	/app/data/saxs_computation/gs/8gsd/8gsd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gs/8gsd/8gsd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gs/8gsd/8gsd.dat

Echovirus3 full particle in complex with 6D10 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)