8gt6

human STING With agonist HB3089

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 100.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gt6
沉积日期 deposition_date	2022-09-07
结构标题 title	human STING With agonist HB3089
关键词 keywords	Agonist, Human STING, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.02 Å
零角强度 I(0) i0	75422700.00
分子量 molecular_weight	69830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88127 Å³
包络体积 envelope_volume	116880 Å³
水化壳体积 shell_volume	33666 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.88 Å
包络 Rg envelope_rg	30.10 Å
形状 Rg shape_rg	30.07 Å
总 Rg total_rg	30.45 Å
总原子数 total_atoms	4922
残基数 n_residues	618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8805
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Stimulator of interferon genes protein
分子量 formula_weight	42236.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4922

MPHSSLHPSIPCPRGHGAQKAALVLLSACLVTLWGLGEPPEHTLRYLVLHLASLQLGLLLNGVCSLAEELRHIHSRYRGSYWRTVRACLGCPLRRGALLLLSIYFYYSLPNAVGPPFTWMLALLGLSQALNILLGLKGLAPAEISAVCEKGNFNVAHGLAWSYYIGYLRLILPELQARIRTYNQHYNNLLRGAVSQRLYILLPLDCGVPDNLSMADPNIRFLDKLPQQTGDHAGIKDRVYSNSIYELLENGQRAGTCVLEYATPLQTLFAMSQYSQAGFSREDRLEQAKLFCRTLEDILADAPESQNNCRLIAYQEPADDSSFSLSQEVLRHLRQEEKEEVTVGSLKTSAVPSTSTMSQEPELLISGMEKPLPLRTDFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-[(2E)-4-{5-carbamoyl-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)amino]-7-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-1H-benzimidazol-1-yl}but-2-en-1-yl]-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)amino]-7-methyl-1H-furo[3,2-e]benzimidazole-5-carboxamide ;
分子量 formula_weight	874.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	91390

fit	/app/data/saxs_computation/gt/8gt6/8gt6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/8gt6/8gt6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/8gt6/8gt6.dat