8gtf

Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-terminator complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 134.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gtf
沉积日期 deposition_date	2022-09-08
结构标题 title	Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-terminator complex
关键词 keywords	Marine bacteriophage, Cryo-EM, Siphophage, Stopper protein, Terminator protein, Head-to-tail interface, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.40 Å
零角强度 I(0) i0	624911000.00
分子量 molecular_weight	125340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123130 Å³
包络体积 envelope_volume	364410 Å³
水化壳体积 shell_volume	72341 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.8 Å
壳层 Rg shell_rg	47.73 Å
包络 Rg envelope_rg	40.06 Å
形状 Rg shape_rg	43.41 Å
总 Rg total_rg	43.63 Å
总原子数 total_atoms	8940
残基数 n_residues	2232
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	625100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8545
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.082
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.329
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	98510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.773

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Head-to-tail joining protein
分子量 formula_weight	10946.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,X
原子数 atom_count	8940

MIESLADWSIFTDPDVFGEPVTWTTPPLPDPVPAIFTDASEDRPATLGPGVLTIAPTLTLGAAQLPFSPARNHRCTVRGITYRVAEVQPDGSGGLRLLLERV

Entity 2 polymer

描述 description	Major tail protein
分子量 formula_weight	13574.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f,g,h,i,j

MLKGKDGVVKNASTGDSIGHLQSWALDTQRDEVSGWGMGDDAERAFTTVGRASGNFEVYLDPADPSDDLEPGDLVDLELYPGGESTGSGYRSVAGALILSTAESASKDGIPMLTVNWRTSGALPQKATVS

Entity 3 polymer

描述 description	Terminator protein
分子量 formula_weight	14866.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k,l,m,n,o,p

MSEAIIAAARGRLISPPFSDATGDVYRTPEAALPAIIVELDYTDAERISMGGGFIASAELRVEILAKRDDWSLLTPTPANTAEGMARLAALVRTAILAPPSDLSGLAWSIAPAGYEFETERGETPLARATQSFALQILQP

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	6.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5844

fit	/app/data/saxs_computation/gt/8gtf/8gtf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/8gtf/8gtf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/8gtf/8gtf.dat

Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-terminator complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)