8gti

Corticotropin-releasing hormone receptor 1(CRF1R) bound with BMK-C205 by XFEL

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gti
沉积日期 deposition_date	2022-09-08
结构标题 title	Corticotropin-releasing hormone receptor 1(CRF1R) bound with BMK-C205 by XFEL
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.82 Å
零角强度 I(0) i0	65032400.00
分子量 molecular_weight	44898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45174 Å³
包络体积 envelope_volume	79291 Å³
水化壳体积 shell_volume	25460 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.02 Å
包络 Rg envelope_rg	28.28 Å
形状 Rg shape_rg	27.63 Å
总 Rg total_rg	28.60 Å
总原子数 total_atoms	3567
残基数 n_residues	423
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8297
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.528
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.212
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4881000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.661; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform CRF-R2 of Corticotropin-releasing factor receptor 1
分子量 formula_weight	32685.4 kDa
突变 mutation	V120A, L144A, W156A, S160A, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3568

MEILNEEKKSKVHYHVAAIINYLGHCISLVALLVAFVLFLRARSIRCLRNIIHANLIAAFILRNATWFVVQLTMSPEVHQSNVGWCRLVTAAYNYFHVTNFFWMFGEGCYLHTAIVLTYSTDRLRAWMFICIGWGVPFPIIVAWAIGKLYYDNEKCWAGKRPGVYTDYIYQGPMALVLLINFIFLFNIVRILMTKLRASTTSETIQARKAVKATLVLLPLLGITYMLAFVNPGEDEVSRVVFIYFNAFLESFQGFFVSVFACFLNSEVRSAAAAHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Endolysin
分子量 formula_weight	18113.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C1052S, C1095S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLSVAKSELDKAIGRNSNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRSALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVIATFRTGTWDAY

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10666
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	8-(4-bromanyl-2,6-dimethoxy-phenyl)-~{N}-butyl-~{N}-(cyclopropylmethyl)-2,7-dimethyl-pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-4-amine
分子量 formula_weight	488.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8gtiA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	8gtiB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.660 Å
晶胞边长 b length_b	70.650 Å
晶胞边长 c length_c	86.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	56.640 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2085
R_free r_free	0.2368

fit	/app/data/saxs_computation/gt/8gti/8gti.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/8gti/8gti.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/8gti/8gti.dat

Corticotropin-releasing hormone receptor 1(CRF1R) bound with BMK-C205 by XFEL

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)